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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-10655 | ||||||||||||||||||
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タイトル | E. coli 50S ribosomal subunit in complex with dirithromycin, fMet-Phe-tRNA(Phe) and deacylated tRNA(iMet). | ||||||||||||||||||
マップデータ | Sharpened map of the 50S LSU with Dirithromycin after high-order aberration correction in Relion 3.1 | ||||||||||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 stringent response / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / positive regulation of ribosome biogenesis / negative regulation of cytoplasmic translation / translational termination / DnaA-L2 complex / translation repressor activity / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation ...stringent response / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / positive regulation of ribosome biogenesis / negative regulation of cytoplasmic translation / translational termination / DnaA-L2 complex / translation repressor activity / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / ribosome assembly / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / assembly of large subunit precursor of preribosome / cytosolic ribosome assembly / response to reactive oxygen species / regulation of cell growth / DNA-templated transcription termination / response to radiation / ribosomal large subunit assembly / mRNA 5'-UTR binding / large ribosomal subunit / ribosome binding / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / mRNA binding / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / baker's yeast (パン酵母) | ||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.1 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Pichkur EB / Polikanov YS / Myasnikov AG / Konevega AL | ||||||||||||||||||
資金援助 | ロシア, 米国, 5件
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引用 | ジャーナル: RNA / 年: 2020 タイトル: Insights into the improved macrolide inhibitory activity from the high-resolution cryo-EM structure of dirithromycin bound to the 70S ribosome. 著者: Evgeny B Pichkur / Alena Paleskava / Andrey G Tereshchenkov / Pavel Kasatsky / Ekaterina S Komarova / Dmitrii I Shiriaev / Alexey A Bogdanov / Olga A Dontsova / Ilya A Osterman / Petr V ...著者: Evgeny B Pichkur / Alena Paleskava / Andrey G Tereshchenkov / Pavel Kasatsky / Ekaterina S Komarova / Dmitrii I Shiriaev / Alexey A Bogdanov / Olga A Dontsova / Ilya A Osterman / Petr V Sergiev / Yury S Polikanov / Alexander G Myasnikov / Andrey L Konevega / 要旨: Macrolides are one of the most successful and widely used classes of antibacterials, which kill or stop the growth of pathogenic bacteria by binding near the active site of the ribosome and ...Macrolides are one of the most successful and widely used classes of antibacterials, which kill or stop the growth of pathogenic bacteria by binding near the active site of the ribosome and interfering with protein synthesis. Dirithromycin is a derivative of the prototype macrolide erythromycin with additional hydrophobic side chain. In our recent study, we have discovered that the side chain of dirithromycin forms lone pair-π stacking interaction with the aromatic imidazole ring of the His69 residue in ribosomal protein uL4 of the 70S ribosome. In the current work, we found that neither the presence of the side chain, nor the additional contact with the ribosome, improve the binding affinity of dirithromycin to the ribosome. Nevertheless, we found that dirithromycin is a more potent inhibitor of in vitro protein synthesis in comparison with its parent compound, erythromycin. Using high-resolution cryo-electron microscopy, we determined the structure of the dirithromycin bound to the translating 70S ribosome, which suggests that the better inhibitory properties of the drug could be rationalized by the side chain of dirithromycin pointing into the lumen of the nascent peptide exit tunnel, where it can interfere with the normal passage of the growing polypeptide chain. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_10655.map.gz | 25.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-10655-v30.xml emd-10655.xml | 57.2 KB 57.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_10655_fsc.xml | 18 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_10655.png | 185.9 KB | ||
マスクデータ | emd_10655_msk_1.map | 512 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_10655_additional.map.gz emd_10655_half_map_1.map.gz emd_10655_half_map_2.map.gz | 475.5 MB 412.7 MB 412.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10655 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10655 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_10655.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Sharpened map of the 50S LSU with Dirithromycin after high-order aberration correction in Relion 3.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.86 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_10655_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: A map calculated and sharpened in CisTEM before...
ファイル | emd_10655_additional.map | ||||||||||||
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注釈 | A map calculated and sharpened in CisTEM before high-order aberrations correction in Relion 3.1. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half #2
ファイル | emd_10655_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half #2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half #1
ファイル | emd_10655_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half #1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : E. coli 50S ribosomal subunit in complex with dirithromycin, fMet...
+超分子 #1: E. coli 50S ribosomal subunit in complex with dirithromycin, fMet...
+超分子 #2: E. coli 50S ribosomal subunit
+超分子 #3: fMet-Phe-tRNA(Phe)
+分子 #1: 23S rRNA
+分子 #2: 5S rRNA
+分子 #32: Deacylated tRNAi(Met)
+分子 #33: fMet-Phe-tRNA(Phe)
+分子 #3: 50S ribosomal protein L2
+分子 #4: 50S ribosomal protein L3
+分子 #5: 50S ribosomal protein L4
+分子 #6: 50S ribosomal protein L5
+分子 #7: 50S ribosomal protein L6
+分子 #8: 50S ribosomal protein L10
+分子 #9: 50S ribosomal protein L11
+分子 #10: 50S ribosomal protein L13
+分子 #11: 50S ribosomal protein L14
+分子 #12: 50S ribosomal protein L15
+分子 #13: 50S ribosomal protein L16
+分子 #14: 50S ribosomal protein L17
+分子 #15: 50S ribosomal protein L18
+分子 #16: 50S ribosomal protein L19
+分子 #17: 50S ribosomal protein L20
+分子 #18: 50S ribosomal protein L21
+分子 #19: 50S ribosomal protein L22
+分子 #20: 50S ribosomal protein L23
+分子 #21: 50S ribosomal protein L24
+分子 #22: 50S ribosomal protein L25
+分子 #23: 50S ribosomal protein L27
+分子 #24: 50S ribosomal protein L28
+分子 #25: 50S ribosomal protein L29
+分子 #26: 50S ribosomal protein L30
+分子 #27: 50S ribosomal protein L32
+分子 #28: 50S ribosomal protein L33
+分子 #29: 50S ribosomal protein L34
+分子 #30: 50S ribosomal protein L35
+分子 #31: 50S ribosomal protein L36
+分子 #34: MAGNESIUM ION
+分子 #35: Dirithromycin
+分子 #36: water
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER/RHODIUM / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 10.0 nm / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 最大 デフォーカス(補正後): 2.2 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 0.3 µm / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 0.1 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.3 µm / 倍率(公称値): 75000 |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 2-27 / 平均露光時間: 1.4 sec. / 平均電子線量: 80.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |