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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-10595 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the RNA Polymerase III-Maf1 complex | |||||||||
マップデータ | Sharpened and locally filtered EM map | |||||||||
試料 |
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キーワード | Transcription (転写 (生物学)) / RNA Polymerase III (RNAポリメラーゼIII) / Pol III / Maf1 / transcription inhibition | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Regulation of PTEN gene transcription / : / negative regulation of transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase III core binding / RNA Polymerase I Transcription Initiation / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / mRNA Capping ...Regulation of PTEN gene transcription / : / negative regulation of transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase III core binding / RNA Polymerase I Transcription Initiation / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / mRNA Capping / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA-templated transcription / termination of RNA polymerase III transcription / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / termination of RNA polymerase I transcription / RNA Polymerase I Promoter Escape / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / Estrogen-dependent gene expression / transcription elongation by RNA polymerase I / Dual incision in TC-NER / tRNA transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase III activity / transcription by RNA polymerase I / transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase I activity / RNA polymerase I complex / RNA polymerase III complex / RNA polymerase II activity / RNA polymerase II, core complex / nucleotidyltransferase activity / transcription elongation by RNA polymerase II / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / ポリメラーゼ / ペルオキシソーム / リボソーム生合成 / single-stranded DNA binding / transcription by RNA polymerase II / nucleic acid binding / protein dimerization activity / nucleotide binding / 核小体 / ミトコンドリア / DNA binding / zinc ion binding / 核質 / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.25 Å | |||||||||
データ登録者 | Vorlaender MK / Hagen WJH | |||||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2020 タイトル: Structural basis for RNA polymerase III transcription repression by Maf1. 著者: Matthias K Vorländer / Florence Baudin / Robyn D Moir / René Wetzel / Wim J H Hagen / Ian M Willis / Christoph W Müller / 要旨: Maf1 is a conserved inhibitor of RNA polymerase III (Pol III) that influences phenotypes ranging from metabolic efficiency to lifespan. Here, we present a 3.3-Å-resolution cryo-EM structure of yeast ...Maf1 is a conserved inhibitor of RNA polymerase III (Pol III) that influences phenotypes ranging from metabolic efficiency to lifespan. Here, we present a 3.3-Å-resolution cryo-EM structure of yeast Maf1 bound to Pol III, establishing that Maf1 sequesters Pol III elements involved in transcription initiation and binds the mobile C34 winged helix 2 domain, sealing off the active site. The Maf1 binding site overlaps with that of TFIIIB in the preinitiation complex. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_10595.map.gz | 105.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-10595-v30.xml emd-10595.xml | 42 KB 42 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_10595_fsc.xml | 12.8 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_10595.png | 162.8 KB | ||
Filedesc metadata | emd-10595.cif.gz | 11 KB | ||
その他 | emd_10595_half_map_1.map.gz emd_10595_half_map_2.map.gz | 140.3 MB 140.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10595 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10595 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_10595.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Sharpened and locally filtered EM map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.041 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-ハーフマップ: Half map 1, generated by relion refine
ファイル | emd_10595_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 1, generated by relion_refine | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 2, generated by relion refine
ファイル | emd_10595_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 2, generated by relion_refine | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : RNA Polymerase III - Maf1 complex
+超分子 #1: RNA Polymerase III - Maf1 complex
+超分子 #2: DNA-directed RNA polymerase III
+超分子 #3: Repressor of RNA polymerase III transcription MAF1
+分子 #1: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC1
+分子 #2: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC2
+分子 #3: DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC1
+分子 #4: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC9
+分子 #5: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1
+分子 #6: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2
+分子 #7: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC8
+分子 #8: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3
+分子 #9: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC10
+分子 #10: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5
+分子 #11: DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC2
+分子 #12: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4
+分子 #13: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC5
+分子 #14: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC4
+分子 #15: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC3
+分子 #16: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC6
+分子 #17: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC7
+分子 #18: Repressor of RNA polymerase III transcription MAF1,Repressor of R...
+分子 #19: ZINC ION
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.15 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 / 詳細: 15 mM HEPES, 150 mM (NH4)2SO4, 5 mM DTT |
グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 2 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 278 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Blot time 6, blot force 2. |
詳細 | crosslinked with BS3 |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.75 µm / 倍率(公称値): 130000 |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 10520 / 平均露光時間: 14.0 sec. / 平均電子線量: 60.5 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: OTHER / 温度因子: 64 |
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得られたモデル | PDB-6tut: |