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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-10423 | ||||||||||||
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タイトル | Structure of the dArc1 capsid | ||||||||||||
![]() | dArc1 Capsid | ||||||||||||
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機能・相同性 | ![]() postsynapse of neuromuscular junction / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Erlendsson S / Morado DR / Shepherd JD / Briggs JAG | ||||||||||||
資金援助 | ![]() ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structures of virus-like capsids formed by the Drosophila neuronal Arc proteins. 著者: Simon Erlendsson / Dustin R Morado / Harrison B Cullen / Cedric Feschotte / Jason D Shepherd / John A G Briggs / ![]() ![]() 要旨: Arc, a neuronal gene that is critical for synaptic plasticity, originated through the domestication of retrotransposon Gag genes and mediates intercellular messenger RNA transfer. We report high- ...Arc, a neuronal gene that is critical for synaptic plasticity, originated through the domestication of retrotransposon Gag genes and mediates intercellular messenger RNA transfer. We report high-resolution structures of retrovirus-like capsids formed by Drosophila dArc1 and dArc2 that have surface spikes and putative internal RNA-binding domains. These data demonstrate that virus-like capsid-forming properties of Arc are evolutionarily conserved and provide a structural basis for understanding their function in intercellular communication. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 340.1 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 17.5 KB 17.5 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 163.2 KB | ||
その他 | ![]() | 404.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | dArc1 Capsid | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.211 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: dArc1 Capsid unsharpened
ファイル | emd_10423_additional.map | ||||||||||||
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注釈 | dArc1 Capsid unsharpened | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : dArc1 Capsids
全体 | 名称: dArc1 Capsids |
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要素 |
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-超分子 #1: dArc1 Capsids
超分子 | 名称: dArc1 Capsids / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
-分子 #1: Activity-regulated cytoskeleton associated protein 1
分子 | 名称: Activity-regulated cytoskeleton associated protein 1 タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 28.921201 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MAQLTQMTNE QLRELIEAVR AAAVGAAGSA AAAGGADASR GKGNFSACTH SFGGTRDHDV VEEFIGNIET YKDVEGISDE NALKGISLL FYGMASTWWQ GVRKEATTWK EAIALIREHF SPTKPAYQIY MEFFQNKQDD HDPIDTFVIQ KRALLAQLPS G RHDEETEL ...文字列: MAQLTQMTNE QLRELIEAVR AAAVGAAGSA AAAGGADASR GKGNFSACTH SFGGTRDHDV VEEFIGNIET YKDVEGISDE NALKGISLL FYGMASTWWQ GVRKEATTWK EAIALIREHF SPTKPAYQIY MEFFQNKQDD HDPIDTFVIQ KRALLAQLPS G RHDEETEL DLLFGLLNIK YRKHISRHSV HTFKDLLEQG RIIEHNNQED EEQLATAKNT RGSKRTTRCT YCSFRGHTFD NC RKRQKDR QEEQHEE |
-分子 #2: ZINC ION
分子 | 名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: ZN |
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分子量 | 理論値: 65.409 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | ![]() |
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![]() | ![]() |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.5 mg/mL | |||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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グリッド | モデル: Homemade / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - #0 - Film type ID: 1 / 支持フィルム - #0 - 材質: CARBON / 支持フィルム - #0 - トポロジー: LACEY / 支持フィルム - #1 - Film type ID: 2 / 支持フィルム - #1 - 材質: CARBON / 支持フィルム - #1 - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.039 kPa / 詳細: 25 mA | |||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 278 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV | |||||||||||||||
詳細 | dArc1 capsids are prepared from purified protein. |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD![]() |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-75 / 平均電子線量: 35.0 e/Å2 |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
粒子像選択 | 選択した数: 46718 | ||||||
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CTF補正 | ソフトウェア:
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初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3) | ||||||
最終 3次元分類 | 詳細: See Materials & Methods | ||||||
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3) | ||||||
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称![]() |