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- EMDB-0834: Structure of the peripheral FCPI from diatom -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0834
タイトルStructure of the peripheral FCPI from diatom
マップデータ
試料
  • 複合体: peripheral FCPI
    • タンパク質・ペプチド: x 10種
  • リガンド: x 8種
生物種Chaetoceros gracilis (珪藻)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Nagao R / Kato K / Miyazaki N / Akita F / Shen JR
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Structural basis for assembly and function of a diatom photosystem I-light-harvesting supercomplex.
著者: Ryo Nagao / Koji Kato / Kentaro Ifuku / Takehiro Suzuki / Minoru Kumazawa / Ikuo Uchiyama / Yasuhiro Kashino / Naoshi Dohmae / Seiji Akimoto / Jian-Ren Shen / Naoyuki Miyazaki / Fusamichi Akita /
要旨: Photosynthetic light-harvesting complexes (LHCs) play a pivotal role in collecting solar energy for photochemical reactions in photosynthesis. One of the major LHCs are fucoxanthin chlorophyll a/c- ...Photosynthetic light-harvesting complexes (LHCs) play a pivotal role in collecting solar energy for photochemical reactions in photosynthesis. One of the major LHCs are fucoxanthin chlorophyll a/c-binding proteins (FCPs) present in diatoms, a group of organisms having important contribution to the global carbon cycle. Here, we report a 2.40-Å resolution structure of the diatom photosystem I (PSI)-FCPI supercomplex by cryo-electron microscopy. The supercomplex is composed of 16 different FCPI subunits surrounding a monomeric PSI core. Each FCPI subunit showed different protein structures with different pigment contents and binding sites, and they form a complicated pigment-protein network together with the PSI core to harvest and transfer the light energy efficiently. In addition, two unique, previously unidentified subunits were found in the PSI core. The structure provides numerous insights into not only the light-harvesting strategy in diatom PSI-FCPI but also evolutionary dynamics of light harvesters among oxyphototrophs.
履歴
登録2019年10月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年5月20日-
マップ公開2020年5月20日-
更新2020年5月20日-
現状2020年5月20日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.045
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 原子モデル: PDB-6l4t
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0834.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0834.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 488.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.113 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.045 / ムービー #1: 0.045
最小 - 最大-0.13163953 - 0.32183647
平均 (標準偏差)0.00013828345 (±0.0032936658)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ504504504
Spacing504504504
セルA=B=C: 560.952 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.1131.1131.113
M x/y/z504504504
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z560.952560.952560.952
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS504504504
D min/max/mean-0.1320.3220.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : peripheral FCPI

全体名称: peripheral FCPI
要素
  • 複合体: peripheral FCPI
    • タンパク質・ペプチド: Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein Lhcr12
    • タンパク質・ペプチド: Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein Lhcr10
    • タンパク質・ペプチド: Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein Lhcr4
    • タンパク質・ペプチド: Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein Lhcr3
    • タンパク質・ペプチド: Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein Lhcq13
    • タンパク質・ペプチド: Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein Lhcq3
    • タンパク質・ペプチド: Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein Lhcq11
    • タンパク質・ペプチド: Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein Lhcq10
    • タンパク質・ペプチド: Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein Lhcq8
    • タンパク質・ペプチド: Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein Lhcq5
  • リガンド: CHLOROPHYLL Aクロロフィルa
  • リガンド: Chlorophyll c1Chlorophyll c
  • リガンド: (3S,3'R,5R,6S,7cis)-7',8'-didehydro-5,6-dihydro-5,6-epoxy-beta,beta-carotene-3,3'-diol
  • リガンド: (3S,3'S,5R,5'R,6S,6'R,8'R)-3,5'-dihydroxy-8-oxo-6',7'-didehydro-5,5',6,6',7,8-hexahydro-5,6-epoxy-beta,beta-caroten-3'-yl acetate
  • リガンド: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
  • リガンド: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
  • リガンド: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
  • リガンド: water水

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超分子 #1: peripheral FCPI

超分子名称: peripheral FCPI / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#10
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 170 KDa

+
分子 #1: Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein Lhcr12

分子名称: Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein Lhcr12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 22.362646 KDa
配列文字列: MKLALLASLI ASAAAFAPSS STGAARASTA LDAGKKSQAL PFLPYPENLA GYVGDAGFDP FRFSDFAPMD FLREAEIKHG RICMLAWLG FVAVDLGARI YPLPEAYEGL TAVTAHDALV QQGAMSQIFL WCSVFEAIST VSVIQMLYEE SGREPGYFGF D PLGFLNGK ...文字列:
MKLALLASLI ASAAAFAPSS STGAARASTA LDAGKKSQAL PFLPYPENLA GYVGDAGFDP FRFSDFAPMD FLREAEIKHG RICMLAWLG FVAVDLGARI YPLPEAYEGL TAVTAHDALV QQGAMSQIFL WCSVFEAIST VSVIQMLYEE SGREPGYFGF D PLGFLNGK SEAEVNEMKL KEIKNGRLAM LAFSGVVTQA VLTQGPFPYV

+
分子 #2: Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein Lhcr10

分子名称: Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein Lhcr10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 32.238152 KDa
配列文字列: LLQGFSRWLV FFVSIRIIRH PCRPPYHETY SSSNTFLSIQ YIEQSHSARQ TSLSLLLITP LTLVLYLAIY TILKMFKTAA AITSLLAAS ASAFAPSSFN GRISTAVAAE KSQSLPFMNR PPLLDGSMAG DVGFDPLGLS NIDDVGIDLY WLREAEIKHC R VAMLAVVG ...文字列:
LLQGFSRWLV FFVSIRIIRH PCRPPYHETY SSSNTFLSIQ YIEQSHSARQ TSLSLLLITP LTLVLYLAIY TILKMFKTAA AITSLLAAS ASAFAPSSFN GRISTAVAAE KSQSLPFMNR PPLLDGSMAG DVGFDPLGLS NIDDVGIDLY WLREAEIKHC R VAMLAVVG ILQVEIFGPA PGCEMATDKC QMDAFWQIWG AHPQYIAFGL IMIMMIEMIS GIATTQGRES GERAPGDFGL DP LGYGKGD AAGYARLQAQ EIANGRLAMF AAAGEIMQGC TTHQGALENL MTALRDNSF

+
分子 #3: Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein Lhcr4

分子名称: Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein Lhcr4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 29.70415 KDa
配列文字列: LRSIHHLIAS HRRLFKFIRH YTINKMKSAL IATALLAGSA AAFTSNAGSQ STSALKAMPE RLWDSMVDKT ERSKAVPFLP RAVNLDGSL PGDVGFDPFY LSSIPKDFSG FIQPPQWEEK GIPTLYWMRE AELKHCRVAM LAWFGWLATD GAFGVTLRFP G EIYSVENI ...文字列:
LRSIHHLIAS HRRLFKFIRH YTINKMKSAL IATALLAGSA AAFTSNAGSQ STSALKAMPE RLWDSMVDKT ERSKAVPFLP RAVNLDGSL PGDVGFDPFY LSSIPKDFSG FIQPPQWEEK GIPTLYWMRE AELKHCRVAM LAWFGWLATD GAFGVTLRFP G EIYSVENI PTAYEAHNAL VSQGSMGFLL LAVGFIEFCT GAVLVEVAKG ASDREAGDFK LDPLSFLKGK SEEEIKRMKT RE IANGRLA MLAFGGVATQ TALEGGNHAF PYF

+
分子 #4: Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein Lhcr3

分子名称: Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein Lhcr3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 22.216549 KDa
配列文字列: MKSVAILAAL FGSATAFVPS QVSRTAASTS VKASLADMVG AEGPEPIPFA PSKTSKNFDP VGFAERSPEW LPWYREAELK HGRAAMLAT VGFVVPEFIR VPGEQFSFEA IPKVIDAHDA LPESMIQIFG WISFLEACTF PAMAGLGGKY DRKPGDFSFD P LGLYPTDP ...文字列:
MKSVAILAAL FGSATAFVPS QVSRTAASTS VKASLADMVG AEGPEPIPFA PSKTSKNFDP VGFAERSPEW LPWYREAELK HGRAAMLAT VGFVVPEFIR VPGEQFSFEA IPKVIDAHDA LPESMIQIFG WISFLEACTF PAMAGLGGKY DRKPGDFSFD P LGLYPTDP EKQKQMQLAE LKNGRLAMIA IGGMVTGAAV TGHGFPYLP

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分子 #5: Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein Lhcq13

分子名称: Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein Lhcq13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 24.842496 KDa
配列文字列: MKTAAIFALL AGSAAAFAPT TVSPRASTVA HMSSINEAFG ISIETGNKCP PLGARILEDA QPSAIKWFQN AEIKHGRIAM VATIGYLVQ KLGVHFPLYL GPSGSNCFHP ESETAWLLSS STGVTFSDIA KAAPLDAIQM VPVAGWMQIF FVAGWFESVA Y YRQWVKNS ...文字列:
MKTAAIFALL AGSAAAFAPT TVSPRASTVA HMSSINEAFG ISIETGNKCP PLGARILEDA QPSAIKWFQN AEIKHGRIAM VATIGYLVQ KLGVHFPLYL GPSGSNCFHP ESETAWLLSS STGVTFSDIA KAAPLDAIQM VPVAGWMQIF FVAGWFESVA Y YRQWVKNS PIPGDYGYDP LGFTKREGGW DSEELTSLRL KEIKNGRLAM MTIAAWVSDE MIPGALPVWH P

+
分子 #6: Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein Lhcq3

分子名称: Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein Lhcq3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 21.318404 KDa
配列文字列: MKSVLFLALA GSAAAFAPST QSRSNTLLKA DLSSLPGSTA PVGPFDPLNL ADSGSEETLA WFRASELKHG RVAMLATTGY LVQGAGIHF PGMLSSDVSF ESLSAMKPLE AWDAVPDAGK AQILGTIFIA EMITESKPVH YTKGGPMPTM VFPAIDFSGV D AATLKRKQ ...文字列:
MKSVLFLALA GSAAAFAPST QSRSNTLLKA DLSSLPGSTA PVGPFDPLNL ADSGSEETLA WFRASELKHG RVAMLATTGY LVQGAGIHF PGMLSSDVSF ESLSAMKPLE AWDAVPDAGK AQILGTIFIA EMITESKPVH YTKGGPMPTM VFPAIDFSGV D AATLKRKQ DSELNNGRLA MIAIMSFISA ANIPGSVPAL TNNPAF

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分子 #7: Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein Lhcq11

分子名称: Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein Lhcq11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 25.994562 KDa
配列文字列: MKLAILTTLL AGASAFTTPN ARPAFATKLS MSEEAAAEEA PAADAPEEVV EPASPSYTCI SKEAILSSPD TTEIGRVWDP LGLAEIGSA ETLAWYRHSE VKHGRIAMAA FVGWWAVGAG LRFPGELSHG LEFSSIPSKG LEAWDAVPGW GKAQMLLFAG L IEFHDELF ...文字列:
MKLAILTTLL AGASAFTTPN ARPAFATKLS MSEEAAAEEA PAADAPEEVV EPASPSYTCI SKEAILSSPD TTEIGRVWDP LGLAEIGSA ETLAWYRHSE VKHGRIAMAA FVGWWAVGAG LRFPGELSHG LEFSSIPSKG LEAWDAVPGW GKAQMLLFAG L IEFHDELF HTRRTEGGHY LRGGTPGKNM VPGLFDPFGF SKGKSEEELA KGRDREIKNG RLAMIGVAGL YCAATIPGSV PL QPPC

+
分子 #8: Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein Lhcq10

分子名称: Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein Lhcq10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 26.875781 KDa
配列文字列: MKIILSGLAL LASSVAAFAP QSIISANANN KNANVVLEAA KDDLIAIAEK SNPVLKYYDP LQLGSTTIWG ETNSATIGFL RQSEIKHGR IAMAAFVGYI VQANGIHFPW PMSFDGTPFP ADAGSPPEQW DALSDAAKWQ IILFIGFLEW FSEAAGKHYM R GGKPGAFP ...文字列:
MKIILSGLAL LASSVAAFAP QSIISANANN KNANVVLEAA KDDLIAIAEK SNPVLKYYDP LQLGSTTIWG ETNSATIGFL RQSEIKHGR IAMAAFVGYI VQANGIHFPW PMSFDGTPFP ADAGSPPEQW DALSDAAKWQ IILFIGFLEW FSEAAGKHYM R GGKPGAFP NFSDSDLIPH PVPLNLYDPF GFSKGKTEAQ KADGLIKELN NGRLAMIGIM GFLAEQKVEG SVPLLKGVVP HY DGEVMAP FM

+
分子 #9: Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein Lhcq8

分子名称: Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein Lhcq8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 30.545674 KDa
配列文字列: MDNKIAGYNI IIHTIISSIN MKFSLVVLSS LVVASSNGVT AFAPSSSTTS TSTTALSSSA SKAELEAIAK KANPTLGYYD PLSLADKDF WGKGNDATIA FLRQSEIKHG RIAMFAFVGY IVQSNFVFPW AQTLAGAPHP SADLSPEAQW DAIPLGAKWQ I FAVISALE ...文字列:
MDNKIAGYNI IIHTIISSIN MKFSLVVLSS LVVASSNGVT AFAPSSSTTS TSTTALSSSA SKAELEAIAK KANPTLGYYD PLSLADKDF WGKGNDATIA FLRQSEIKHG RIAMFAFVGY IVQSNFVFPW AQTLAGAPHP SADLSPEAQW DAIPLGAKWQ I FAVISALE LWDECGGGGV LPHYTKGRKP GQYPPFTLFR DNVHFVLDLY DPFGFNKNMS EETKERRLVS ELNNGRLAML GI FGFLCAD TIPGSVPLLN DIAIPYSGQV MQPFEGQFSY FGSL

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分子 #10: Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein Lhcq5

分子名称: Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein Lhcq5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 23.533191 KDa
配列文字列: MKIATLFLAL ASSAAAFAPS QQVRSMTNEK MKPRQARNNF ALNMKVDEMP GATAPLGKFD PLNLATLGSE STLAWFRAAE LKHSRVAML ATTGYLVQAA GIHFPGMLSS DVSFESLSAM KPLDAWDAVP EGGKNQIYFT IFLAEFITEC KGTHYTKGGP L PTIVFPPI ...文字列:
MKIATLFLAL ASSAAAFAPS QQVRSMTNEK MKPRQARNNF ALNMKVDEMP GATAPLGKFD PLNLATLGSE STLAWFRAAE LKHSRVAML ATTGYLVQAA GIHFPGMLSS DVSFESLSAM KPLDAWDAVP EGGKNQIYFT IFLAEFITEC KGTHYTKGGP L PTIVFPPI DFSTVNPEQL KTRQNRELNN GRLAMIAIMS FVAAANIPGS VPALAGNPMF

+
分子 #11: CHLOROPHYLL A

分子名称: CHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 84 / 式: CLA
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A / クロロフィルa

+
分子 #12: Chlorophyll c1

分子名称: Chlorophyll c1 / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 35 / 式: KC1
分子量理論値: 610.941 Da
Chemical component information

ChemComp-KC1:
Chlorophyll c1 / Chlorophyll c

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分子 #13: (3S,3'R,5R,6S,7cis)-7',8'-didehydro-5,6-dihydro-5,6-epoxy-beta,be...

分子名称: (3S,3'R,5R,6S,7cis)-7',8'-didehydro-5,6-dihydro-5,6-epoxy-beta,beta-carotene-3,3'-diol
タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 18 / 式: DD6
分子量理論値: 582.855 Da
Chemical component information

ChemComp-DD6:
(3S,3'R,5R,6S,7cis)-7',8'-didehydro-5,6-dihydro-5,6-epoxy-beta,beta-carotene-3,3'-diol / ジアジノキサンチン

+
分子 #14: (3S,3'S,5R,5'R,6S,6'R,8'R)-3,5'-dihydroxy-8-oxo-6',7'-didehydro-5...

分子名称: (3S,3'S,5R,5'R,6S,6'R,8'R)-3,5'-dihydroxy-8-oxo-6',7'-didehydro-5,5',6,6',7,8-hexahydro-5,6-epoxy-beta,beta-caroten-3'-yl acetate
タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 36 / 式: A86
分子量理論値: 658.906 Da

+
分子 #15: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE

分子名称: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 1 / 式: LHG
分子量理論値: 722.97 Da
Chemical component information

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / リン脂質*YM / Phosphatidylglycerol

+
分子 #16: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

分子名称: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 5 / 式: LMG
分子量理論値: 787.158 Da
Chemical component information

ChemComp-LMG:
1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

+
分子 #17: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE

分子名称: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 13 / 式: LMT
分子量理論値: 510.615 Da
Chemical component information

ChemComp-LMT:
DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド / 可溶化剤*YM

+
分子 #18: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 12 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER / 水

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 6.5
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMMES-NaOHMES-NaOH
0.02 %DDMDDM
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: MOLYBDENUM / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 2689965
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4)
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

9853

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3) / 使用した粒子像数: 470801
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-6l4t:
Structure of the peripheral FCPI from diatom

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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