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万見
- EMDB-0007: MlaBDEF complex from A. baumannii -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0007
タイトルMlaBDEF complex from A. baumannii
マップデータ
試料
  • 複合体: MlaBDEF
    • タンパク質・ペプチド: MlaB
    • タンパク質・ペプチド: MlaD
    • タンパク質・ペプチド: MlaE
    • タンパク質・ペプチド: MlaF
機能・相同性
機能・相同性情報


ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / membrane => GO:0016020 / ATP hydrolysis activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
ABC transport permease subunit MlaE, Proteobacteria / ABC transporter permease MalE / Permease MlaE / STAS domain / Mce/MlaD / MlaD protein / STAS domain / STAS domain superfamily / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain ...ABC transport permease subunit MlaE, Proteobacteria / ABC transporter permease MalE / Permease MlaE / STAS domain / Mce/MlaD / MlaD protein / STAS domain / STAS domain superfamily / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ABC transporter ATP-binding protein / Ttg2E / Toluene tolerance efflux transporter (ABC superfamily, PerI-bind) / Intermembrane phospholipid transport system permease protein MlaE
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter baumannii (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.7 Å
データ登録者Bergeron JRC / Kollman JM
引用ジャーナル: Elife / 年: 2019
タイトル: The Mla system and glycerophospholipid transport to the outer membrane.
著者: Cassandra Kamischke / Junping Fan / Julien Bergeron / Hemantha D Kulasekara / Zachary D Dalebroux / Anika Burrell / Justin M Kollman / Samuel I Miller /
要旨: The outer membrane (OM) of Gram-negative bacteria serves as a selective permeability barrier that allows entry of essential nutrients while excluding toxic compounds, including antibiotics. The OM is ...The outer membrane (OM) of Gram-negative bacteria serves as a selective permeability barrier that allows entry of essential nutrients while excluding toxic compounds, including antibiotics. The OM is asymmetric and contains an outer leaflet of lipopolysaccharides (LPS) or lipooligosaccharides (LOS) and an inner leaflet of glycerophospholipids (GPL). We screened transposon mutants and identified a number of mutants with OM defects, including an ABC transporter system homologous to the Mla system in We further show that this opportunistic, antibiotic-resistant pathogen uses this multicomponent protein complex and ATP hydrolysis at the inner membrane to promote GPL export to the OM. The broad conservation of the Mla system in Gram-negative bacteria suggests the system may play a conserved role in OM biogenesis. The importance of the Mla system to OM integrity and antibiotic sensitivity suggests that its components may serve as new antimicrobial therapeutic targets.
履歴
登録2018年5月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年2月20日-
マップ公開2019年2月20日-
更新2019年2月20日-
現状2019年2月20日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.043
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.043
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6ic4
  • 表面レベル: 0.043
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0007.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0007.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.26 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.043 / ムービー #1: 0.043
最小 - 最大-0.026832027 - 0.103471845
平均 (標準偏差)0.0019379637 (±0.008786473)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 252.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.261.261.26
M x/y/z200200200
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z252.000252.000252.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS200200200
D min/max/mean-0.0270.1030.002

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : MlaBDEF

全体名称: MlaBDEF
要素
  • 複合体: MlaBDEF
    • タンパク質・ペプチド: MlaB
    • タンパク質・ペプチド: MlaD
    • タンパク質・ペプチド: MlaE
    • タンパク質・ペプチド: MlaF

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超分子 #1: MlaBDEF

超分子名称: MlaBDEF / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Acinetobacter baumannii (バクテリア)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #1: MlaB

分子名称: MlaB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acinetobacter baumannii (バクテリア)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MVQYLNQELV VSGKIDFENA EQQYQAGLAI IKKQTSFPLI VDLKQLEHGN TLALAVLVQW LRQTPQKSGL HFKNVPEKML KIIQACHLQ EDLHLV

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分子 #2: MlaD

分子名称: MlaD / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acinetobacter baumannii (バクテリア)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MKSRTSELAV GIFVIIFGIA LFFLAMKVSG LVGTNLSDGY TMKAQFDNVN GLKPRAKVTM SGVTIGRVDS ITLDPVTRLA TVTFDLDGK LTSFNAEQLK EVQKNALDEL RYSSDYTQAT PAQQKTMEQQ LISNMNSITS IDEDAYIMVA TNGLLGEKYL K IVPGGGLN ...文字列:
MKSRTSELAV GIFVIIFGIA LFFLAMKVSG LVGTNLSDGY TMKAQFDNVN GLKPRAKVTM SGVTIGRVDS ITLDPVTRLA TVTFDLDGK LTSFNAEQLK EVQKNALDEL RYSSDYTQAT PAQQKTMEQQ LISNMNSITS IDEDAYIMVA TNGLLGEKYL K IVPGGGLN YLKRGDTISN TQGTMDLEDL ISKFITGGGA GKVAAGSSSA EEKAPASTDS SAQPSFVE

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分子 #3: MlaE

分子名称: MlaE / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acinetobacter baumannii (バクテリア)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MNTIAWLGRL VIERIRGIGV AALMLLQIIF SLPSAGGFGR FVYQMHRVGV MSLLIITVSG LFIGLVLGLQ GYSILVNVGS ESMLGTMVS LTLLRELAPV VAALLFAGRA GSALTAEIGS MKQSEQLASM EMIGVDPLKQ IVSPRLWAGI VSLPMLTVIF A AIGIVGGK ...文字列:
MNTIAWLGRL VIERIRGIGV AALMLLQIIF SLPSAGGFGR FVYQMHRVGV MSLLIITVSG LFIGLVLGLQ GYSILVNVGS ESMLGTMVS LTLLRELAPV VAALLFAGRA GSALTAEIGS MKQSEQLASM EMIGVDPLKQ IVSPRLWAGI VSLPMLTVIF A AIGIVGGK LVGVDFLGVD EGSFWSGMQN NVQFGHDVVN GIIKSIVFAL LCTWIAVFQG YACDPTPEGI ATAMTRTVVY SS LCVLGFD FVLTAVMFGG I

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分子 #4: MlaF

分子名称: MlaF / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acinetobacter baumannii (バクテリア)
配列文字列: MIAIMNNKTP LSTQSLIEVK NLSFNRGERV IYDNISLNIR RGQITAIMGP SGTGKTTLLR LIGGQLVPDQ GEVLLDGKDI AQMSRQELF AARARMGMLF QSGALFTDMS VYENVAFPIR AHTKLSENLI AELVALKLES VGLRGTEQLM PTELSGGMNR R VALARAIA ...文字列:
MIAIMNNKTP LSTQSLIEVK NLSFNRGERV IYDNISLNIR RGQITAIMGP SGTGKTTLLR LIGGQLVPDQ GEVLLDGKDI AQMSRQELF AARARMGMLF QSGALFTDMS VYENVAFPIR AHTKLSENLI AELVALKLES VGLRGTEQLM PTELSGGMNR R VALARAIA LDPDLIMYDE PFAGQDPIVK GVLTRLIRSL REALDLTTII VSHDVPETLS IADYIYVVAE GKIQGEGTPE EL QAYASPF VKQFLTGSAE GPVEYQFSHQ AYLDNEVRP

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 14000

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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