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タイトルCryo-EM structure of a bacteriophage M13 mini variant.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 14, Issue 1, Page 5421, Year 2023
掲載日2023年9月5日
著者Qi Jia / Ye Xiang /
PubMed 要旨Filamentous bacteriophages package their circular, single stranded DNA genome with the major coat protein pVIII and the minor coat proteins pIII, pVII, pVI, and pIX. Here, we report the cryo-EM ...Filamentous bacteriophages package their circular, single stranded DNA genome with the major coat protein pVIII and the minor coat proteins pIII, pVII, pVI, and pIX. Here, we report the cryo-EM structure of a ~500 Å long bacteriophage M13 mini variant. The distal ends of the mini phage are sealed by two cap-like complexes composed of the minor coat proteins. The top cap complex consists of pVII and pIX, both exhibiting a single helix structure. Arg33 of pVII and Glu29 of pIX, located on the inner surface of the cap, play a key role in recognizing the genome packaging signal. The bottom cap complex is formed by the hook-like structures of pIII and pVI, arranged in helix barrels. Most of the inner ssDNA genome adopts a double helix structure with a similar pitch to that of the A-form double-stranded DNA. These findings provide insights into the assembly of filamentous bacteriophages.
リンクNat Commun / PubMed:37669979 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.1 - 3.9 Å
構造データ

35793

8ixj

EMDB-35793, PDB-8ixj:
Middle segment of the bacteriophage M13 mini variant
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

35794

8ixk

EMDB-35794, PDB-8ixk:
bottom segment of the bacteriophage M13 mini variant
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

35795

8ixl

EMDB-35795, PDB-8ixl:
top segment of the bacteriophage M13 mini variant
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

35796

8jwt

EMDB-35796: Asymmetric reconstruction of the middle segment of the bacteriophage M13 mini variant
PDB-8jwt: Asymmetric middle segment of the bacteriophage M13 mini variant
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

EMDB-35797: Asymmetric reconstruction of bottom segment of the bacteriophage M13 mini variant
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

EMDB-35798: Full length of the bacteriophage M13 mini variant
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

EMDB-35805: Asymmetric reconstruction of the full length of the bacteriophage M13 variant
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

由来
  • inovirus m13 (ウイルス)
  • enterobacteria phage m13 (ファージ)
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / Viral coat protein (カプシド) / M13

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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