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Structure paper

タイトルStructures of the T cell potassium channel Kv1.3 with immunoglobulin modulators.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 13, Issue 1, Page 3854, Year 2022
掲載日2022年7月4日
著者Purushotham Selvakumar / Ana I Fernández-Mariño / Nandish Khanra / Changhao He / Alice J Paquette / Bing Wang / Ruiqi Huang / Vaughn V Smider / William J Rice / Kenton J Swartz / Joel R Meyerson /
PubMed 要旨The Kv1.3 potassium channel is expressed abundantly on activated T cells and mediates the cellular immune response. This role has made the channel a target for therapeutic immunomodulation to block ...The Kv1.3 potassium channel is expressed abundantly on activated T cells and mediates the cellular immune response. This role has made the channel a target for therapeutic immunomodulation to block its activity and suppress T cell activation. Here, we report structures of human Kv1.3 alone, with a nanobody inhibitor, and with an antibody-toxin fusion blocker. Rather than block the channel directly, four copies of the nanobody bind the tetramer's voltage sensing domains and the pore domain to induce an inactive pore conformation. In contrast, the antibody-toxin fusion docks its toxin domain at the extracellular mouth of the channel to insert a critical lysine into the pore. The lysine stabilizes an active conformation of the pore yet blocks ion permeation. This study visualizes Kv1.3 pore dynamics, defines two distinct mechanisms to suppress Kv1.3 channel activity with exogenous inhibitors, and provides a framework to aid development of emerging T cell immunotherapies.
リンクNat Commun / PubMed:35788586 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.89 - 3.39 Å
構造データ

25414

7ssv

EMDB-25414, PDB-7ssv:
Structure of human Kv1.3 with Fab-ShK fusion
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.39 Å

25416

7ssx

7ssy

EMDB-25416, PDB-7ssx:
Structure of human Kv1.3
PDB-7ssy: Structure of human Kv1.3 (alternate conformation)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.89 Å

25417

7ssz

8dfl

EMDB-25417, PDB-7ssz:
Structure of human Kv1.3 with A0194009G09 nanobodies
PDB-8dfl: Structure of human Kv1.3 with A0194009G09 nanobodies (alternate conformation)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.25 Å

化合物

ChemComp-K:
Unknown entry / カリウムカチオン

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • aequorea victoria (オワンクラゲ)
  • unidentified (未定義)
  • synthetic construct (人工物)
  • lama glama (ラマ)
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / ion channel (イオンチャネル)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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