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Structure paper

タイトルMolecular mechanisms of gating in the calcium-activated chloride channel bestrophin.
ジャーナル・号・ページElife, Vol. 8, Year 2019
掲載日2019年1月10日
著者Alexandria N Miller / George Vaisey / Stephen B Long /
PubMed 要旨Bestrophin (BEST1-4) ligand-gated chloride (Cl) channels are activated by calcium (Ca). Mutation of BEST1 causes retinal disease. Partly because bestrophin channels have no sequence or structural ...Bestrophin (BEST1-4) ligand-gated chloride (Cl) channels are activated by calcium (Ca). Mutation of BEST1 causes retinal disease. Partly because bestrophin channels have no sequence or structural similarity to other ion channels, the molecular mechanisms underlying gating are unknown. Here, we present a series of cryo-electron microscopy structures of chicken BEST1, determined at 3.1 Å resolution or better, that represent the channel's principal gating states. Unlike other channels, opening of the pore is due to the repositioning of tethered pore-lining helices within a surrounding protein shell that dramatically widens a neck of the pore through a concertina of amino acid rearrangements. The neck serves as both the activation and the inactivation gate. Ca binding instigates opening of the neck through allosteric means whereas inactivation peptide binding induces closing. An aperture within the otherwise wide pore controls anion permeability. The studies define a new molecular paradigm for gating among ligand-gated ion channels.
リンクElife / PubMed:30628889 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.7 - 3.1 Å
構造データ

9321

6n23

EMDB-9321, PDB-6n23:
BEST1 in a calcium-bound inactivated state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

9322

6n24

EMDB-9322, PDB-6n24:
BEST1 open state W287F mutant, calcium-free
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

9323

6n25

EMDB-9323, PDB-6n25:
BEST1 open state W287F mutant, calcium-bound
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

9324

6n26

EMDB-9324, PDB-6n26:
BEST1 calcium-free closed state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

9325

6n27

EMDB-9325, PDB-6n27:
BEST1 calcium-bound closed state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

9326

6n28

EMDB-9326, PDB-6n28:
BEST1 calcium-bound open state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

化合物

ChemComp-CA:
Unknown entry / カルシウムジカチオン

由来
  • gallus gallus (ニワトリ)
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / ion channel (イオンチャネル) / calcium activated chloride channel / eukaryotic membrane protein / anion channel (イオンチャネル) / transport protein (運搬体タンパク質) / ligand gated ion channel (リガンド依存性イオンチャネル)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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