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タイトルStructural basis of lipopolysaccharide extraction by the LptBFGC complex.
ジャーナル・号・ページNature, Vol. 567, Issue 7749, Page 486-490, Year 2019
掲載日2019年3月20日
著者Yanyan Li / Benjamin J Orlando / Maofu Liao /
PubMed 要旨In Gram-negative bacteria, lipopolysaccharide is essential for outer membrane formation and antibiotic resistance. The seven lipopolysaccharide transport (Lpt) proteins A-G move lipopolysaccharide ...In Gram-negative bacteria, lipopolysaccharide is essential for outer membrane formation and antibiotic resistance. The seven lipopolysaccharide transport (Lpt) proteins A-G move lipopolysaccharide from the inner to the outer membrane. The ATP-binding cassette transporter LptBFG, which tightly associates with LptC, extracts lipopolysaccharide out of the inner membrane. The mechanism of the LptBFG-LptC complex (LptBFGC) and the role of LptC in lipopolysaccharide transport are poorly understood. Here we characterize the structures of LptBFG and LptBFGC in nucleotide-free and vanadate-trapped states, using single-particle cryo-electron microscopy. These structures resolve the bound lipopolysaccharide, reveal transporter-lipopolysaccharide interactions with side-chain details and uncover how the capture and extrusion of lipopolysaccharide are coupled to conformational rearrangements of LptBFGC. LptC inserts its transmembrane helix between the two transmembrane domains of LptBFG, which represents a previously unknown regulatory mechanism for ATP-binding cassette transporters. Our results suggest a role for LptC in achieving efficient lipopolysaccharide transport, by coordinating the action of LptBFG in the inner membrane and Lpt protein interactions in the periplasm.
リンクNature / PubMed:30894744 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度4.0 - 5.9 Å
構造データ

9118

6mhu

EMDB-9118, PDB-6mhu:
Nucleotide-free Cryo-EM Structure of E.coli LptB2FG Transporter
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.0 Å

9124

6mhz

EMDB-9124, PDB-6mhz:
Vanadate trapped Cryo-EM Structure of E.coli LptB2FG Transporter
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.1 Å

9125

6mi7

EMDB-9125, PDB-6mi7:
Nucleotide-free Cryo-EM Structure of E.coli LptB2FGC
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

9126

6mi8

EMDB-9126, PDB-6mi8:
Cryo-EM Structure of vanadate-trapped E.coli LptB2FGC
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.3 Å

EMDB-9128:
Cryo-EM Structure of E.coli LptB2FGC with LPS
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.4 Å

EMDB-9129:
Cryo-EM Structure of E.coli LptB2FGC with long BJR
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.8 Å

EMDB-9130:
Cryo-EM Structure of E.coli LptB2FGC with short BJR
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.9 Å

化合物

ChemComp-JSG:
(2~{R},4~{R},5~{R},6~{R})-6-[(1~{R})-1,2-bis(oxidanyl)ethyl]-2-[(2~{R},4~{R},5~{R},6~{R})-6-[(1~{R})-1,2-bis(oxidanyl)ethyl]-5-[(2~{S},3~{S},4~{R},5~{R},6~{R})-6-[(1~{S})-1,2-bis(oxidanyl)ethyl]-4-[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{S},6~{R})-6-[(1~{S})-2-[(2~{S},3~{S},4~{S},5~{S},6~{R})-6-[(1~{S})-1,2-bis(oxidanyl)ethyl]-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-1-oxidanyl-ethyl]-3,4-bis(oxidanyl)-5-phosphonooxy-oxan-2-yl]oxy-3-oxidanyl-5-phosphonooxy-oxan-2-yl]oxy-2-carboxy-2-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R},6~{R})-5-[[(3~{R})-3-dodecanoyloxytetradecanoyl]amino]-6-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R},6~{R})-3-oxidanyl-5-[[(3~{R})-3-oxidanyltetradecanoyl]amino]-4-[(3~{R})-3-oxidanyltetradecanoyl]oxy-6-phosphonooxy-oxan-2-yl]methoxy]-3-phosphonooxy-4-[(3~{R})-3-tetradecanoyloxytetradecanoyl]oxy-oxan-2-yl]methoxy]oxan-4-yl]oxy-4,5-bis(oxidanyl)oxane-2-carboxylic acid

ChemComp-AOV:
ADP ORTHOVANADATE / エネルギー貯蔵分子類似体*YM

ChemComp-PGT:
(1S)-2-{[{[(2R)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE / リン脂質*YM / Phosphatidylglycerol

由来
  • escherichia coli (strain k12) (大腸菌)
  • Escherichia coli (大腸菌)
キーワードTRANSPORT PROTEIN/Hydrolase / ABC transporter / lipopolysaccharide (リポ多糖) / LPS / nanodisc / TRANSPORT PROTEIN-Hydrolase complex / HYDROLASE/TRANSPORT PROTEIN / MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / HYDROLASE-TRANSPORT PROTEIN complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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