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タイトルDevelopment and structural basis of a two-MAb cocktail for treating SARS-CoV-2 infections.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 12, Issue 1, Page 264, Year 2021
掲載日2021年1月11日
著者Chao Zhang / Yifan Wang / Yuanfei Zhu / Caixuan Liu / Chenjian Gu / Shiqi Xu / Yalei Wang / Yu Zhou / Yanxing Wang / Wenyu Han / Xiaoyu Hong / Yong Yang / Xueyang Zhang / Tingfeng Wang / Cong Xu / Qin Hong / Shutian Wang / Qiaoyu Zhao / Weihua Qiao / Jinkai Zang / Liangliang Kong / Fangfang Wang / Haikun Wang / Di Qu / Dimitri Lavillette / Hong Tang / Qiang Deng / Youhua Xie / Yao Cong / Zhong Huang /
PubMed 要旨The ongoing pandemic of coronavirus disease 2019 (COVID-19) is caused by severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2). Neutralizing antibodies against SARS-CoV-2 are an option for ...The ongoing pandemic of coronavirus disease 2019 (COVID-19) is caused by severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2). Neutralizing antibodies against SARS-CoV-2 are an option for drug development for treating COVID-19. Here, we report the identification and characterization of two groups of mouse neutralizing monoclonal antibodies (MAbs) targeting the receptor-binding domain (RBD) on the SARS-CoV-2 spike (S) protein. MAbs 2H2 and 3C1, representing the two antibody groups, respectively, bind distinct epitopes and are compatible in formulating a noncompeting antibody cocktail. A humanized version of the 2H2/3C1 cocktail is found to potently neutralize authentic SARS-CoV-2 infection in vitro with half inhibitory concentration (IC50) of 12 ng/mL and effectively treat SARS-CoV-2-infected mice even when administered at as late as 24 h post-infection. We determine an ensemble of cryo-EM structures of 2H2 or 3C1 Fab in complex with the S trimer up to 3.8 Å resolution, revealing the conformational space of the antigen-antibody complexes and MAb-triggered stepwise allosteric rearrangements of the S trimer, delineating a previously uncharacterized dynamic process of coordinated binding of neutralizing antibodies to the trimeric S protein. Our findings provide important information for the development of MAb-based drugs for preventing and treating SARS-CoV-2 infections.
リンクNat Commun / PubMed:33431876 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.0 - 13.5 Å
構造データ

30635

7dcc

EMDB-30635, PDB-7dcc:
S-3C1-F3b structure, all the three RBDs are in the up conformation and each of them associates with a 3C1 Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.3 Å

30641

7dcx

EMDB-30641, PDB-7dcx:
S-3C1-F3a structure, two RBDs are up and one RBD is down, each RBD binds with a 3C1 fab.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.9 Å

30642

7dd2

EMDB-30642, PDB-7dd2:
S-3C1-F2 structure, two RBDs are up and one RBD is down, the two up RBD bind with a 3C1 fab.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.6 Å

30649

7dd8

EMDB-30649, PDB-7dd8:
S-3C1-F1 structure, one RBD is up and two RBDs are down, the up RBD binds with a 3C1 fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.5 Å

30651

7ddd

EMDB-30651, PDB-7ddd:
SARS-Cov2 S protein at close state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

30654

7ddn

EMDB-30654, PDB-7ddn:
SARS-Cov2 S protein at open state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.3 Å

30702

7dk4

EMDB-30702, PDB-7dk4:
S-2H2-F3a structure, two RBDs are up and one RBD is down, each RBD binds with a 2H2 Fab.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

30703

7dk5

EMDB-30703, PDB-7dk5:
S-2H2-F1 structure, one RBD is up and two RBDs are down, only up RBD binds with a 2H2 Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 13.5 Å

30704

7dk6

EMDB-30704, PDB-7dk6:
S-2H2-F2 structure, two RBDs are up and one RBD is down, each up RBD binds with a 2H2 Fab.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.3 Å

30705

7dk7

EMDB-30705, PDB-7dk7:
S-2H2-F3b structure, three RBDs are up and each RBD binds with a 2H2 Fab.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 9.7 Å

由来
  • mus musculus (ハツカネズミ)
  • severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / SARS-Cov2 S protein

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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