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タイトルGating of human TRPV3 in a lipid bilayer.
ジャーナル・号・ページNat Struct Mol Biol, Vol. 27, Issue 7, Page 635-644, Year 2020
掲載日2020年6月22日
著者Zengqin Deng / Grigory Maksaev / Michael Rau / Zili Xie / Hongzhen Hu / James A J Fitzpatrick / Peng Yuan /
PubMed 要旨The transient receptor potential cation channel subfamily V member 3 (TRPV3) channel plays a critical role in skin physiology, and mutations in TRPV3 result in the development of a congenital skin ...The transient receptor potential cation channel subfamily V member 3 (TRPV3) channel plays a critical role in skin physiology, and mutations in TRPV3 result in the development of a congenital skin disorder, Olmsted syndrome. Here we describe multiple cryo-electron microscopy structures of human TRPV3 reconstituted into lipid nanodiscs, representing distinct functional states during the gating cycle. The ligand-free, closed conformation reveals well-ordered lipids interacting with the channel and two physical constrictions along the ion-conduction pore involving both the extracellular selectivity filter and intracellular helix bundle crossing. Both the selectivity filter and bundle crossing expand upon activation, accompanied by substantial structural rearrangements at the cytoplasmic intersubunit interface. Transition to the inactivated state involves a secondary structure change of the pore-lining helix, which contains a π-helical segment in the closed and open conformations, but becomes entirely α-helical upon inactivation. Together with electrophysiological characterization, structures of TRPV3 in a lipid membrane environment provide unique insights into channel activation and inactivation mechanisms.
リンクNat Struct Mol Biol / PubMed:32572252 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.1 - 4.33 Å
構造データ

EMDB-20917, PDB-6uw4:
Cryo-EM structure of human TRPV3 determined in lipid nanodisc
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

EMDB-20918, PDB-6uw6:
Cryo-EM structure of the human TRPV3 K169A mutant determined in lipid nanodisc
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.66 Å

EMDB-20919, PDB-6uw8:
Cryo-EM structure of the human TRPV3 K169A mutant briefly exposed to 2-APB for 3 minutes, determined in lipid nanodisc
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.02 Å

EMDB-20920, PDB-6uw9:
Cryo-EM structure of the human TRPV3 K169A mutant in the presence of 2-APB, determined in lipid nanodisc
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.33 Å

化合物

ChemComp-6OU:
[(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate / POPE / リン脂質*YM

ChemComp-NA:
Unknown entry / ナトリウムカチオン

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / ion channel (イオンチャネル) / TRPV3 / ion channel TRPV3

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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