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タイトルOpen-channel structure of a pentameric ligand-gated ion channel reveals a mechanism of leaflet-specific phospholipid modulation.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 13, Issue 1, Page 7017, Year 2022
掲載日2022年11月17日
著者John T Petroff / Noah M Dietzen / Ezry Santiago-McRae / Brett Deng / Maya S Washington / Lawrence J Chen / K Trent Moreland / Zengqin Deng / Michael Rau / James A J Fitzpatrick / Peng Yuan / Thomas T Joseph / Jérôme Hénin / Grace Brannigan / Wayland W L Cheng /
PubMed 要旨Pentameric ligand-gated ion channels (pLGICs) mediate synaptic transmission and are sensitive to their lipid environment. The mechanism of phospholipid modulation of any pLGIC is not well understood. ...Pentameric ligand-gated ion channels (pLGICs) mediate synaptic transmission and are sensitive to their lipid environment. The mechanism of phospholipid modulation of any pLGIC is not well understood. We demonstrate that the model pLGIC, ELIC (Erwinia ligand-gated ion channel), is positively modulated by the anionic phospholipid, phosphatidylglycerol, from the outer leaflet of the membrane. To explore the mechanism of phosphatidylglycerol modulation, we determine a structure of ELIC in an open-channel conformation. The structure shows a bound phospholipid in an outer leaflet site, and structural changes in the phospholipid binding site unique to the open-channel. In combination with streamlined alchemical free energy perturbation calculations and functional measurements in asymmetric liposomes, the data support a mechanism by which an anionic phospholipid stabilizes the activated, open-channel state of a pLGIC by specific, state-dependent binding to this site.
リンクNat Commun / PubMed:36385237 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.14 - 3.47 Å
構造データ

27215

8d63

EMDB-27215, PDB-8d63:
ELIC apo in POPC nanodisc
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.14 Å

27216

8d64

EMDB-27216, PDB-8d64:
ELIC with cysteamine in POPC nanodisc
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.14 Å

27217

8d65

EMDB-27217, PDB-8d65:
ELIC apo in 2:1:1 POPC:POPE:POPG nanodisc
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.47 Å

27218

8d66

EMDB-27218, PDB-8d66:
ELIC with cysteamine in 2:1:1 POPC:POPE:POPG nanodisc
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.14 Å

27219

8d67

EMDB-27219, PDB-8d67:
ELIC3 with cysteamine in 2:1:1 POPC:POPE:POPG nanodisc
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

43542

8vuw

EMDB-43542, PDB-8vuw:
ELIC5 with cysteamine in 2:1:1 POPC:POPE:POPG nanodisc in open conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.19 Å

化合物

ChemComp-LBN:
1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine / リン脂質*YM / POホスファチジルコリン

ChemComp-DHL:
2-AMINO-ETHANETHIOL / システアミン / システアミン

ChemComp-PGW:
(1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl / POPG / リン脂質*YM / Phosphatidylglycerol

由来
  • dickeya dadantii (バクテリア)
  • dickeya chrysanthemi (バクテリア)
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / ELIC / ion channel (イオンチャネル) / pLGIC / TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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