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タイトルStructural and biochemical investigations of a HEAT-repeat protein involved in the cytosolic iron-sulfur cluster assembly pathway.
ジャーナル・号・ページCommun Biol, Vol. 6, Issue 1, Page 1276, Year 2023
掲載日2023年12月18日
著者Sheena Vasquez / Melissa D Marquez / Edward J Brignole / Amanda Vo / Sunnie Kong / Christopher Park / Deborah L Perlstein / Catherine L Drennan /
PubMed 要旨Iron-sulfur clusters are essential for life and defects in their biosynthesis lead to human diseases. The mechanism of cluster assembly and delivery to cytosolic and nuclear client proteins via the ...Iron-sulfur clusters are essential for life and defects in their biosynthesis lead to human diseases. The mechanism of cluster assembly and delivery to cytosolic and nuclear client proteins via the cytosolic iron-sulfur cluster assembly (CIA) pathway is not well understood. Here we report cryo-EM structures of the HEAT-repeat protein Met18 from Saccharomyces cerevisiae, a key component of the CIA targeting complex (CTC) that identifies cytosolic and nuclear client proteins and delivers a mature iron-sulfur cluster. We find that in the absence of other CTC proteins, Met18 adopts tetrameric and hexameric states. Using mass photometry and negative stain EM, we show that upon the addition of Cia2, these higher order oligomeric states of Met18 disassemble. We also use pulldown assays to identify residues of critical importance for Cia2 binding and recognition of the Leu1 client, many of which are buried when Met18 oligomerizes. Our structures show conformations of Met18 that have not been previously observed in any Met18 homolog, lending support to the idea that a highly flexible Met18 may be key to how the CTC is able to deliver iron-sulfur clusters to client proteins of various sizes and shapes, i.e. Met18 conforms to the dimensions needed.
リンクCommun Biol / PubMed:38110506 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.3 - 12.77 Å
構造データ

42510

8usp

EMDB-42510, PDB-8usp:
Structural and biochemical investigations of a HEAT-repeat protein involved in the cytosolic iron-sulfur cluster assembly pathway
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

42511

8usq

EMDB-42511, PDB-8usq:
Structural and biochemical investigations of a HEAT-repeat protein involved in the cytosolic iron-sulfur cluster assembly pathway
手法: EM (単粒子) / 解像度: 12.77 Å

EMDB-42512: Structural and biochemical investigations of a HEAT-repeat protein involved in the cytosolic iron-sulfur cluster assembly pathway
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-42513: Structural and biochemical investigations of a HEAT-repeat protein involved in the cytosolic iron-sulfur cluster assembly pathway
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

EMDB-42514: Structural and biochemical investigations of a HEAT-repeat protein involved in the cytosolic iron-sulfur cluster assembly pathway
手法: EM (単粒子) / 解像度: 8.43 Å

由来
  • saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
  • Saccharomyces (サッカロミケス属)
キーワードMETAL TRANSPORT / IRON-SULFUR CLUSTER (鉄・硫黄クラスター) / ASSEMBLY / CIA PATHWAY / MET18 / METALLOCOFACTOR

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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