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Structure paper

タイトルStructural insights into the unexpected agonism of tetracyclic antidepressants at serotonin receptors 5-HTR and 5-HTR.
ジャーナル・号・ページSci Adv, Vol. 10, Issue 16, Page eadk4855, Year 2024
掲載日2024年4月19日
著者Gregory Zilberg / Alexandra K Parpounas / Audrey L Warren / Bianca Fiorillo / Davide Provasi / Marta Filizola / Daniel Wacker /
PubMed 要旨Serotonin [5-hydroxytryptamine (5-HT)] acts via 13 different receptors in humans. Of these receptor subtypes, all but 5-HTR have confirmed roles in native tissue and are validated drug targets. ...Serotonin [5-hydroxytryptamine (5-HT)] acts via 13 different receptors in humans. Of these receptor subtypes, all but 5-HTR have confirmed roles in native tissue and are validated drug targets. Despite 5-HTR's therapeutic potential and plausible druggability, the mechanisms of its activation remain elusive. To illuminate 5-HTR's pharmacology in relation to the highly homologous 5-HTR, we screened a library of aminergic receptor ligands at both receptors and observe 5-HTR/5-HTR agonism by multicyclic drugs described as pan-antagonists at 5-HT receptors. Potent agonism by tetracyclic antidepressants mianserin, setiptiline, and mirtazapine suggests a mechanism for their clinically observed antimigraine properties. Using cryo-EM and mutagenesis studies, we uncover and characterize unique agonist-like binding poses of mianserin and setiptiline at 5-HTR distinct from similar drug scaffolds in inactive-state 5-HTR structures. Together with computational studies, our data suggest that these binding poses alongside receptor-specific allosteric coupling in 5-HTR and 5-HTR contribute to the agonist activity of these antidepressants.
リンクSci Adv / PubMed:38630816 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.31 Å
構造データ

42241

8ugy

EMDB-42241, PDB-8ugy:
Serotonin 1E receptor (5-HT1eR)-Gi1 Complex bound with Mianserin
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.31 Å

42245

8uh3

EMDB-42245, PDB-8uh3:
Serotonin 1E receptor (5-HT1eR)-Gi1 Complex bound with Setiptiline
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.31 Å

化合物

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL / コレステロ-ル / コレステロール


化合物 画像なし

ChemComp-WRU:
Unknown entry

ChemComp-HOH:
WATER / 水


化合物 画像なし

ChemComp-WOQ:
Unknown entry

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • mus musculus (ハツカネズミ)
キーワードSIGNALING PROTEIN / GPCR (Gタンパク質共役受容体) / Complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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