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タイトルRNA targeting and cleavage by the type III-Dv CRISPR effector complex.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 15, Issue 1, Page 3324, Year 2024
掲載日2024年4月18日
著者Evan A Schwartz / Jack P K Bravo / Mohd Ahsan / Luis A Macias / Caitlyn L McCafferty / Tyler L Dangerfield / Jada N Walker / Jennifer S Brodbelt / Giulia Palermo / Peter C Fineran / Robert D Fagerlund / David W Taylor /
PubMed 要旨CRISPR-Cas are adaptive immune systems in bacteria and archaea that utilize CRISPR RNA-guided surveillance complexes to target complementary RNA or DNA for destruction. Target RNA cleavage at regular ...CRISPR-Cas are adaptive immune systems in bacteria and archaea that utilize CRISPR RNA-guided surveillance complexes to target complementary RNA or DNA for destruction. Target RNA cleavage at regular intervals is characteristic of type III effector complexes. Here, we determine the structures of the Synechocystis type III-Dv complex, an apparent evolutionary intermediate from multi-protein to single-protein type III effectors, in pre- and post-cleavage states. The structures show how multi-subunit fusion proteins in the effector are tethered together in an unusual arrangement to assemble into an active and programmable RNA endonuclease and how the effector utilizes a distinct mechanism for target RNA seeding from other type III effectors. Using structural, biochemical, and quantum/classical molecular dynamics simulation, we study the structure and dynamics of the three catalytic sites, where a 2'-OH of the ribose on the target RNA acts as a nucleophile for in line self-cleavage of the upstream scissile phosphate. Strikingly, the arrangement at the catalytic residues of most type III complexes resembles the active site of ribozymes, including the hammerhead, pistol, and Varkud satellite ribozymes. Our work provides detailed molecular insight into the mechanisms of RNA targeting and cleavage by an important intermediate in the evolution of type III effector complexes.
リンクNat Commun / PubMed:38637512 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.5 - 3.44 Å
構造データ

40248

8s9t

EMDB-40248, PDB-8s9t:
CRISPR-Cas type III-D effector complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.52 Å

40250

8s9v

EMDB-40250, PDB-8s9v:
CRISPR-Cas type III-D effector complex bound to a self-target RNA in the pre-cleavage state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

40251

8s9x

EMDB-40251, PDB-8s9x:
CRISPR-Cas type III-D effector complex bound to self-target RNA in a post-cleavage state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.44 Å

EMDB-40276: CRISPR-Cas type III-D effector complex consensus map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.52 Å

EMDB-40296: CRISPR-Cas type III-D effector complex local refinement map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.5 Å

EMDB-40297: CRISPR-Cas type III-D effector complex bound to a target RNA local refinement map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.77 Å

EMDB-40298: CRISPR-Cas type III-D effector complex bound to a target RNA consensus map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.77 Å

化合物

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-HOH:
WATER / 水

由来
  • synechocystis sp. pcc 6803 (バクテリア)
キーワードRNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質) / CRISPR (CRISPR) / CRISPR-Cas (CRISPR) / type III / complex / RNA (リボ核酸) / crRNA / RNA BINDING PROTEIN/RNA / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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