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タイトルMultivalency of nucleosome recognition by LEDGF.
ジャーナル・号・ページNucleic Acids Res, Vol. 51, Issue 18, Page 10011-10025, Year 2023
掲載日2023年10月13日
著者Eliška Koutná / Vanda Lux / Tomáš Kouba / Jana Škerlová / Jiří Nováček / Pavel Srb / Rozálie Hexnerová / Hana Šváchová / Zdeněk Kukačka / Petr Novák / Milan Fábry / Simon Poepsel / Václav Veverka /
PubMed 要旨Eukaryotic transcription is dependent on specific histone modifications. Their recognition by chromatin readers triggers complex processes relying on the coordinated association of transcription ...Eukaryotic transcription is dependent on specific histone modifications. Their recognition by chromatin readers triggers complex processes relying on the coordinated association of transcription regulatory factors. Although various modification states of a particular histone residue often lead to differential outcomes, it is not entirely clear how they are discriminated. Moreover, the contribution of intrinsically disordered regions outside of the specialized reader domains to nucleosome binding remains unexplored. Here, we report the structures of a PWWP domain from transcriptional coactivator LEDGF in complex with the H3K36 di- and trimethylated nucleosome, indicating that both methylation marks are recognized by PWWP in a highly conserved manner. We identify a unique secondary interaction site for the PWWP domain at the interface between the acidic patch and nucleosomal DNA that might contribute to an H3K36-methylation independent role of LEDGF. We reveal DNA interacting motifs in the intrinsically disordered region of LEDGF that discriminate between the intra- or extranucleosomal DNA but remain dynamic in the context of dinucleosomes. The interplay between the LEDGF H3K36-methylation reader and protein binding module mediated by multivalent interactions of the intrinsically disordered linker with chromatin might help direct the elongation machinery to the vicinity of RNA polymerase II, thereby facilitating productive elongation.
リンクNucleic Acids Res / PubMed:37615563 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.69 - 4.0 Å
構造データ

16546

8cbn

EMDB-16546, PDB-8cbn:
structure of LEDGF/p75 PWWP domain bound to the H3K36 trimethylated dinucleosome
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.34 Å

16549

8cbq

EMDB-16549, PDB-8cbq:
structure of LEDGF/p75 PWWP domain bound to the H3K36 trimethylated dinucleosome
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.0 Å

17594

8pc5

EMDB-17594, PDB-8pc5:
H3K36me3 nucleosome-LEDGF/p75 PWWP domain complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.02 Å

17595

8pc6

EMDB-17595, PDB-8pc6:
H3K36me3 nucleosome-LEDGF/p75 PWWP domain complex - pose 2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.04 Å

17633

8peo

EMDB-17633, PDB-8peo:
H3K36me2 nucleosome-LEDGF/p75 PWWP domain complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.69 Å

17634

8pep

EMDB-17634, PDB-8pep:
H3K36me2 nucleosome-LEDGF/p75 PWWP domain complex - pose 2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.33 Å

化合物

ChemComp-M2L:
(2R)-2-amino-3-(2-dimethylaminoethylsulfanyl)propanoic acid

由来
  • xenopus laevis (アフリカツメガエル)
  • synthetic construct (人工物)
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / nucleosome (ヌクレオソーム) / transcription activator (アクチベーター) / methylation (メチル化) / complex / DNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / transcription elongation

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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