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Structure paper

タイトルImproved HIV-1 neutralization breadth and potency of V2-apex antibodies by in silico design.
ジャーナル・号・ページCell Rep, Vol. 42, Issue 7, Page 112711, Year 2023
掲載日2023年7月10日
著者Graham T Holt / Jason Gorman / Siyu Wang / Anna U Lowegard / Baoshan Zhang / Tracy Liu / Bob C Lin / Mark K Louder / Marcel S Frenkel / Krisha McKee / Sijy O'Dell / Reda Rawi / Chen-Hsiang Shen / Nicole A Doria-Rose / Peter D Kwong / Bruce R Donald /
PubMed 要旨Broadly neutralizing antibodies (bNAbs) against HIV can reduce viral transmission in humans, but an effective therapeutic will require unusually high breadth and potency of neutralization. We employ ...Broadly neutralizing antibodies (bNAbs) against HIV can reduce viral transmission in humans, but an effective therapeutic will require unusually high breadth and potency of neutralization. We employ the OSPREY computational protein design software to engineer variants of two apex-directed bNAbs, PGT145 and PG9RSH, resulting in increases in potency of over 100-fold against some viruses. The top designed variants improve neutralization breadth from 39% to 54% at clinically relevant concentrations (IC < 1 μg/mL) and improve median potency (IC) by up to 4-fold over a cross-clade panel of 208 strains. To investigate the mechanisms of improvement, we determine cryoelectron microscopy structures of each variant in complex with the HIV envelope trimer. Surprisingly, we find the largest increases in breadth to be a result of optimizing side-chain interactions with highly variable epitope residues. These results provide insight into mechanisms of neutralization breadth and inform strategies for antibody design and improvement.
リンクCell Rep / PubMed:37436900 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.4 - 3.75 Å
構造データ

29248

8fk5

EMDB-29248, PDB-8fk5:
Cryo-EM Structure of PG9RSH DU011 Fab in complex with BG505 DS-SOSIP.664
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

29264

8fl1

EMDB-29264, PDB-8fl1:
Cryo-EM Structure of PG9RSH DU025 Fab in complex with BG505 DS-SOSIP.664
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.75 Å

29288

8flw

EMDB-29288, PDB-8flw:
Cryo-EM Structure of PGT145 DU303 Fab in complex with BG505 DS-SOSIP.664
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.58 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

由来
  • human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / CD4 / HIV-1 / SOSIP / Vaccine (ワクチン) / IMMUNE SYSTEM (免疫系) / llama (リャマ) / V2 apex / therapeutic (治療)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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