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Structure paper

タイトルCryo-EM structure of the four-subunit cytochrome complex in styrene maleic acid nanodiscs.
ジャーナル・号・ページProc Natl Acad Sci U S A, Vol. 120, Issue 12, Page e2217922120, Year 2023
掲載日2023年3月21日
著者David J K Swainsbury / Frederick R Hawkings / Elizabeth C Martin / Sabina Musiał / Jack H Salisbury / Philip J Jackson / David A Farmer / Matthew P Johnson / C Alistair Siebert / Andrew Hitchcock / C Neil Hunter /
PubMed 要旨Cytochrome complexes are ubiquinol:cytochrome oxidoreductases, and as such, they are centrally important components of respiratory and photosynthetic electron transfer chains in many species of ...Cytochrome complexes are ubiquinol:cytochrome oxidoreductases, and as such, they are centrally important components of respiratory and photosynthetic electron transfer chains in many species of bacteria and in mitochondria. The minimal complex has three catalytic components, which are cytochrome , cytochrome , and the Rieske iron-sulfur subunit, but the function of mitochondrial cytochrome complexes is modified by up to eight supernumerary subunits. The cytochrome complex from the purple phototrophic bacterium   has a single supernumerary subunit called subunit IV, which is absent from current structures of the complex. In this work we use the styrene-maleic acid copolymer to purify the cytochrome complex in native lipid nanodiscs, which retains the labile subunit IV, annular lipids, and natively bound quinones. The catalytic activity of the four-subunit cytochrome complex is threefold higher than that of the complex lacking subunit IV. To understand the role of subunit IV, we determined the structure of the four-subunit complex at 2.9 Å using single particle cryogenic electron microscopy. The structure shows the position of the transmembrane domain of subunit IV, which lies across the transmembrane helices of the Rieske and cytochrome subunits. We observe a quinone at the Q quinone-binding site and show that occupancy of this site is linked to conformational changes in the Rieske head domain during catalysis. Twelve lipids were structurally resolved, making contacts with the Rieske and cytochrome subunits, with some spanning both of the two monomers that make up the dimeric complex.
リンクProc Natl Acad Sci U S A / PubMed:36913593 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.9 - 3.75 Å
構造データ

15616

8asi

EMDB-15616, PDB-8asi:
Four subunit cytochrome b-c1 complex from Rhodobacter sphaeroides in native nanodiscs - consensus refinement in the b-b conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

15617

8asj

EMDB-15617, PDB-8asj:
Four subunit cytochrome b-c1 complex from Rhodobacter sphaeroides in native nanodiscs - focussed refinement in the b-c conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.75 Å

化合物

ChemComp-FES:
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター

ChemComp-PEE:
1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / DOPE, リン脂質*YM / Discrete optimized protein energy

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Heme B

ChemComp-HEC:
HEME C / Heme C

ChemComp-U10:
UBIQUINONE-10 / 2-(3,7,11,15,19,23,27,31,35,39-デカメチルテトラコンタ-2,6,10,14,18,22,(以下略) / ユビキノン

由来
  • Cereibacter sphaeroides (バクテリア)
  • cereibacter sphaeroides 2.4.1 (バクテリア)
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / cyt bc1 complex III membrane protein electron transport quinone cytochrome

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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