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タイトルStructural basis for continued antibody evasion by the SARS-CoV-2 receptor binding domain.
ジャーナル・号・ページScience, Vol. 375, Issue 6578, Page eabl6251, Year 2022
掲載日2022年1月21日
著者Katherine G Nabel / Sarah A Clark / Sundaresh Shankar / Junhua Pan / Lars E Clark / Pan Yang / Adrian Coscia / Lindsay G A McKay / Haley H Varnum / Vesna Brusic / Nicole V Tolan / Guohai Zhou / Michaël Desjardins / Sarah E Turbett / Sanjat Kanjilal / Amy C Sherman / Anand Dighe / Regina C LaRocque / Edward T Ryan / Casey Tylek / Joel F Cohen-Solal / Anhdao T Darcy / Davide Tavella / Anca Clabbers / Yao Fan / Anthony Griffiths / Ivan R Correia / Jane Seagal / Lindsey R Baden / Richelle C Charles / Jonathan Abraham /
PubMed 要旨Many studies have examined the impact of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) variants on neutralizing antibody activity after they have become dominant strains. Here, we ...Many studies have examined the impact of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) variants on neutralizing antibody activity after they have become dominant strains. Here, we evaluate the consequences of further viral evolution. We demonstrate mechanisms through which the SARS-CoV-2 receptor binding domain (RBD) can tolerate large numbers of simultaneous antibody escape mutations and show that pseudotypes containing up to seven mutations, as opposed to the one to three found in previously studied variants of concern, are more resistant to neutralization by therapeutic antibodies and serum from vaccine recipients. We identify an antibody that binds the RBD core to neutralize pseudotypes for all tested variants but show that the RBD can acquire an N-linked glycan to escape neutralization. Our findings portend continued emergence of escape variants as SARS-CoV-2 adapts to humans.
リンクScience / PubMed:34855508 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度1.467 - 4.3 Å
構造データ

25209

7sn2

EMDB-25209, PDB-7sn2:
Structure of human SARS-CoV-2 neutralizing antibody C1C-A3 Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.3 Å

25210

7sn3

EMDB-25210, PDB-7sn3:
Structure of human SARS-CoV-2 spike glycoprotein trimer bound by neutralizing antibody C1C-A3 Fab (variable region)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

PDB-7sn0:
Crystal structure of spike protein receptor binding domain of escape mutant SARS-CoV-2 from immunocompromised patient (d146*) in complex with human receptor ACE2
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.08 Å

PDB-7sn1:
Structure of human SARS-CoV-2 neutralizing antibody C1C-A3 Fab
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.467 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-CL:
Unknown entry / クロリド / 塩化物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

ChemComp-HOH:
WATER / 水

由来
  • severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / COVID-19 (新型コロナウイルス感染症 (2019年)) / SARS-CoV-2 (SARSコロナウイルス2) / spike protein (スパイクタンパク質) / neutralization escape mutant / ACE2 (アンジオテンシン変換酵素2) / receptor binding (受容体) / IMMUNE SYSTEM (免疫系) / neutralizing antibody (中和抗体) / neutralization escape / VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM (ウイルス性) / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex (ウイルス性)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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