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タイトルStructural basis of an endocytic checkpoint that primes the AP2 clathrin adaptor for cargo internalization.
ジャーナル・号・ページNat Struct Mol Biol, Vol. 29, Issue 4, Page 339-347, Year 2022
掲載日2022年3月28日
著者Edward A Partlow / Kevin S Cannon / Gunther Hollopeter / Richard W Baker /
PubMed 要旨Clathrin-mediated endocytosis (CME) is the main route of internalization from the plasma membrane. It is known that the heterotetrameric AP2 clathrin adaptor must open to simultaneously engage ...Clathrin-mediated endocytosis (CME) is the main route of internalization from the plasma membrane. It is known that the heterotetrameric AP2 clathrin adaptor must open to simultaneously engage membrane and endocytic cargo, yet it is unclear how transmembrane cargos are captured to catalyze CME. Using cryogenic-electron microscopy, we discover a new way in which mouse AP2 can reorganize to expose membrane- and cargo-binding pockets, which is not observed in clathrin-coated structures. Instead, it is stimulated by endocytic pioneer proteins called muniscins, which do not enter vesicles. Muniscin-engaged AP2 is primed to rearrange into the vesicle-competent conformation on binding the tyrosine cargo internalization motif (YxxΦ). We propose adaptor priming as a checkpoint to ensure cargo internalization.
リンクNat Struct Mol Biol / PubMed:35347313 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.5 - 4.7 Å
構造データ

24710

7rw8

EMDB-24710, PDB-7rw8:
AP2 bound to heparin in the closed conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

24711

7rw9

EMDB-24711, PDB-7rw9:
AP2 bound to heparin in the bowl conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

24712

7rwa

EMDB-24712, PDB-7rwa:
AP2 bound to heparin and Tgn38 tyrosine cargo peptide
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.7 Å

24713

7rwb

EMDB-24713, PDB-7rwb:
AP2 bound to the APA domain of SGIP in the presence of heparin
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

24714

7rwc

EMDB-24714, PDB-7rwc:
AP2 bound to the APA domain of SGIP and heparin; partial signal subtraction and symmetry expansion
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

由来
  • mus musculus (ハツカネズミ)
キーワードENDOCYTOSIS (エンドサイトーシス) / AP2 / clathrin vesicle / lipid-binding / adaptor / membrane (生体膜) / transport / cargo (貨物) / muniscin / regulator / SGIP1

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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