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Structure paper

タイトルStructural insight into Tn3 family transposition mechanism.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 13, Issue 1, Page 6155, Year 2022
掲載日2022年10月18日
著者Alexander V Shkumatov / Nicolas Aryanpour / Cédric A Oger / Gérôme Goossens / Bernard F Hallet / Rouslan G Efremov /
PubMed 要旨Transposons are diverse mobile genetic elements that play the critical role as genome architects in all domains of life. Tn3 is a widespread family and among the first identified bacterial ...Transposons are diverse mobile genetic elements that play the critical role as genome architects in all domains of life. Tn3 is a widespread family and among the first identified bacterial transposons famed for their contribution to the dissemination of antibiotic resistance. Transposition within this family is mediated by a large TnpA transposase, which facilitates both transposition and target immunity. Howtever, a structural framework required for understanding the mechanism of TnpA transposition is lacking. Here, we describe the cryo-EM structures of TnpA from Tn4430 in the apo form and paired with transposon ends before and after DNA cleavage and strand transfer. We show that TnpA has an unusual architecture and exhibits a family specific regulatory mechanism involving metamorphic refolding of the RNase H-like catalytic domain. The TnpA structure, constrained by a double dimerization interface, creates a peculiar topology that suggests a specific role for the target DNA in transpososome assembly and activation.
リンクNat Commun / PubMed:36257990 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.9 - 3.6 Å
構造データ

13906

7qd4

EMDB-13906, PDB-7qd4:
Cryo-EM structure of Tn4430 TnpA transposase from Tn3 family in complex with 100 bp long transposon end DNA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

13908

7qd5

EMDB-13908, PDB-7qd5:
Cryo-EM structure of Tn4430 TnpA transposase from Tn3 family in complex with 48 bp long transposon end DNA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

13909

7qd6

EMDB-13909, PDB-7qd6:
Cryo-EM structure of Tn4430 TnpA transposase from Tn3 family in complex with strand-transfer like DNA product
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

13910

7qd8

EMDB-13910, PDB-7qd8:
Cryo-EM structure of Tn4430 TnpA transposase from Tn3 family in apo state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

由来
  • bacillus thuringiensis (バチルス・チューリンゲンシス)
キーワードRECOMBINATION (遺伝的組換え) / DNA transposition / Tn3 family / antibiotic resistance (抗微生物薬耐性) / protein metamorphosis

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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