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タイトルCryo-EM structures show the mechanistic basis of pan-peptidase inhibition by human α-macroglobulin.
ジャーナル・号・ページProc Natl Acad Sci U S A, Vol. 119, Issue 19, Page e2200102119, Year 2022
掲載日2022年5月10日
著者Daniel Luque / Theodoros Goulas / Carlos P Mata / Soraia R Mendes / F Xavier Gomis-Rüth / José R Castón /
PubMed 要旨Human α2-macroglobulin (hα2M) is a multidomain protein with a plethora of essential functions, including transport of signaling molecules and endopeptidase inhibition in innate immunity. Here, we ...Human α2-macroglobulin (hα2M) is a multidomain protein with a plethora of essential functions, including transport of signaling molecules and endopeptidase inhibition in innate immunity. Here, we dissected the molecular mechanism of the inhibitory function of the ∼720-kDa hα2M tetramer through eight cryo–electron microscopy (cryo-EM) structures of complexes from human plasma. In the native complex, the hα2M subunits are organized in two flexible modules in expanded conformation, which enclose a highly porous cavity in which the proteolytic activity of circulating plasma proteins is tested. Cleavage of bait regions exposed inside the cavity triggers rearrangement to a compact conformation, which closes openings and entraps the prey proteinase. After the expanded-to-compact transition, which occurs independently in the four subunits, the reactive thioester bond triggers covalent linking of the proteinase, and the receptor-binding domain is exposed on the tetramer surface for receptor-mediated clearance from circulation. These results depict the molecular mechanism of a unique suicidal inhibitory trap.
リンクProc Natl Acad Sci U S A / PubMed:35500114 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.6 - 12.0 Å
構造データ

EMDB-12747, PDB-7o7l:
(h-alpha2M)4 native I
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.5 Å

EMDB-12748, PDB-7o7m:
(h-alpha2M)4 native II
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.6 Å

EMDB-12750, PDB-7o7n:
(h-alpha2M)4 semiactivated I state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.3 Å

EMDB-12751, PDB-7o7o:
(h-alpha2M)4 semiactivated II state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.8 Å

EMDB-12752, PDB-7o7p:
(h-alpha2M)4 activated state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.6 Å

EMDB-12753, PDB-7o7q:
(h-alpha2M)4 trypsin-activated state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

EMDB-12754, PDB-7o7r:
(h-alpha2M)4 plasmin-activated I state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

EMDB-12755, PDB-7o7s:
(h-alpha2M)4 plasmin-activated II state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.3 Å

EMDB-12941: (h-alpha2M)4 transient I state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.2 Å

EMDB-12942: (h-alpha2M)4 transient II state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 12.0 Å

EMDB-12943: (h-alpha2M)4 transient III state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 9.1 Å

EMDB-12944: (h-alpha2M)4 transient IV state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 9.3 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • Human (ヒト)
キーワードPROTEIN BINDING (タンパク質) / alpha2-macroglobulin (Α2-マクログロブリン) / proteinase (プロテアーゼ) / serum proteostasis / hydrolase inhibitor

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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