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タイトルSARS-CoV-2 immune evasion by the B.1.427/B.1.429 variant of concern.
ジャーナル・号・ページScience, Vol. 373, Issue 6555, Page 648-654, Year 2021
掲載日2021年8月6日
著者Matthew McCallum / Jessica Bassi / Anna De Marco / Alex Chen / Alexandra C Walls / Julia Di Iulio / M Alejandra Tortorici / Mary-Jane Navarro / Chiara Silacci-Fregni / Christian Saliba / Kaitlin R Sprouse / Maria Agostini / Dora Pinto / Katja Culap / Siro Bianchi / Stefano Jaconi / Elisabetta Cameroni / John E Bowen / Sasha W Tilles / Matteo Samuele Pizzuto / Sonja Bernasconi Guastalla / Giovanni Bona / Alessandra Franzetti Pellanda / Christian Garzoni / Wesley C Van Voorhis / Laura E Rosen / Gyorgy Snell / Amalio Telenti / Herbert W Virgin / Luca Piccoli / Davide Corti / David Veesler /
PubMed 要旨A novel variant of concern (VOC) named CAL.20C (B.1.427/B.1.429), which was originally detected in California, carries spike glycoprotein mutations S13I in the signal peptide, W152C in the N-terminal ...A novel variant of concern (VOC) named CAL.20C (B.1.427/B.1.429), which was originally detected in California, carries spike glycoprotein mutations S13I in the signal peptide, W152C in the N-terminal domain (NTD), and L452R in the receptor-binding domain (RBD). Plasma from individuals vaccinated with a Wuhan-1 isolate-based messenger RNA vaccine or from convalescent individuals exhibited neutralizing titers that were reduced 2- to 3.5-fold against the B.1.427/B.1.429 variant relative to wild-type pseudoviruses. The L452R mutation reduced neutralizing activity in 14 of 34 RBD-specific monoclonal antibodies (mAbs). The S13I and W152C mutations resulted in total loss of neutralization for 10 of 10 NTD-specific mAbs because the NTD antigenic supersite was remodeled by a shift of the signal peptide cleavage site and the formation of a new disulfide bond, as revealed by mass spectrometry and structural studies.
リンクScience / PubMed:34210893 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.3 - 3.0 Å
構造データ

24236

7n8h

EMDB-24236, PDB-7n8h:
SARS-CoV-2 S (B.1.429 / epsilon variant) + S2M11 + S2L20 Global Refinement
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.3 Å

24237

7n8i

EMDB-24237, PDB-7n8i:
SARS-CoV-2 S (B.1.429 / epsilon variant) + S2M11 + S2L20 (Local Refinement of the NTD/S2L20)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

ChemComp-HOH:
WATER / 水

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM (ウイルス性) / coronavirus (オルトコロナウイルス亜科) / antibody (抗体) / california / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex (ウイルス性)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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