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タイトルSARS-CoV-2 S2P spike ages through distinct states with altered immunogenicity.
ジャーナル・号・ページJ Biol Chem, Vol. 297, Issue 4, Page 101127, Year 2021
掲載日2021年8月27日
著者Adam S Olia / Yaroslav Tsybovsky / Steven J Chen / Cuiping Liu / Alexandra F Nazzari / Li Ou / Lingshu Wang / Wing-Pui Kong / Kwan Leung / Tracy Liu / Tyler Stephens / I-Ting Teng / Shuishu Wang / Eun Sung Yang / Baoshan Zhang / Yi Zhang / Tongqing Zhou / John R Mascola / Peter D Kwong /
PubMed 要旨The SARS-CoV-2 spike is the primary target of virus-neutralizing antibodies and critical to the development of effective vaccines against COVID-19. Here, we demonstrate that the prefusion-stabilized ...The SARS-CoV-2 spike is the primary target of virus-neutralizing antibodies and critical to the development of effective vaccines against COVID-19. Here, we demonstrate that the prefusion-stabilized two-proline "S2P" spike-widely employed for laboratory work and clinical studies-unfolds when stored at 4 °C, physiological pH, as observed by electron microscopy (EM) and differential scanning calorimetry, but that its trimeric, native-like conformation can be reacquired by low pH treatment. When stored for approximately 1 week, this unfolding does not significantly alter antigenic characteristics; however, longer storage diminishes antibody binding, and month-old spike elicits virtually no neutralization in mice despite inducing high ELISA-binding titers. Cryo-EM structures reveal the folded fraction of spike to decrease with aging; however, its structure remains largely similar, although with varying mobility of the receptor-binding domain. Thus, the SARS-CoV-2 spike is susceptible to unfolding, which affects immunogenicity, highlighting the need to monitor its integrity.
リンクJ Biol Chem / PubMed:34461095 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.6 - 3.5 Å
構造データ

23982

7mtc

EMDB-23982, PDB-7mtc:
Structure of freshly purified SARS-CoV-2 S2P spike at pH 7.4
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.6 Å

23983

7mtd

EMDB-23983, PDB-7mtd:
Structure of aged SARS-CoV-2 S2P spike at pH 7.4
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

23984

7mte

EMDB-23984, PDB-7mte:
Structure of SARS-CoV-2 S2P spike at pH 7.4 refolded by low-pH treatment
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

由来
  • severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / COVID-19 (新型コロナウイルス感染症 (2019年)) / SARS-CoV-2 spike / S2P

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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