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タイトルDistinct Structures and Dynamics of Chromatosomes with Different Human Linker Histone Isoforms.
ジャーナル・号・ページMol Cell, Vol. 81, Issue 1, Page 166-182.e6, Year 2021
掲載日2021年1月7日
著者Bing-Rui Zhou / Hanqiao Feng / Seyit Kale / Tara Fox / Htet Khant / Natalia de Val / Rodolfo Ghirlando / Anna R Panchenko / Yawen Bai /
PubMed 要旨The repeating structural unit of metazoan chromatin is the chromatosome, a nucleosome bound to a linker histone, H1. There are 11 human H1 isoforms with diverse cellular functions, but how they ...The repeating structural unit of metazoan chromatin is the chromatosome, a nucleosome bound to a linker histone, H1. There are 11 human H1 isoforms with diverse cellular functions, but how they interact with the nucleosome remains elusive. Here, we determined the cryoelectron microscopy (cryo-EM) structures of chromatosomes containing 197 bp DNA and three different human H1 isoforms, respectively. The globular domains of all three H1 isoforms bound to the nucleosome dyad. However, the flanking/linker DNAs displayed substantial distinct dynamic conformations. Nuclear magnetic resonance (NMR) and H1 tail-swapping cryo-EM experiments revealed that the C-terminal tails of the H1 isoforms mainly controlled the flanking DNA orientations. We also observed partial ordering of the core histone H2A C-terminal and H3 N-terminal tails in the chromatosomes. Our results provide insights into the structures and dynamics of the chromatosomes and have implications for the structure and function of chromatin.
リンクMol Cell / PubMed:33238161 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.76 - 9.73 Å
構造データ

22683

7k5x

EMDB-22683, PDB-7k5x:
Cryo-EM structure of a chromatosome containing human linker histone H1.0
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.93 Å

22684

7k5y

EMDB-22684, PDB-7k5y:
Cryo-EM structure of a chromatosome containing human linker histone H1.4
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.76 Å

22685

7k60

EMDB-22685, PDB-7k60:
Cryo-EM structure of a chromatosome containing human linker histone H1.10
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.12 Å

22686

7k61

EMDB-22686, PDB-7k61:
Cryo-EM structure of 197bp nucleosome aided by scFv
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.85 Å

22687

7k63

EMDB-22687, PDB-7k63:
Cryo-EM structure of a chromatosome containing chimeric linker histone gH1.10-ncH1.4
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.03 Å

EMDB-22688:
cryo-EM map of di-chromatosome containing H1.4
手法: EM (単粒子) / 解像度: 9.73 Å

由来
  • human (ヒト)
  • homo sapiens (ヒト)
  • mus musculus (ハツカネズミ)
  • Mougeotia scalaris (植物)
キーワードNUCLEAR PROTEIN/DNA / chromatosome / nucleosome (ヌクレオソーム) / linker histones / Single-chain antibody / charge-charge interaction (静電気学) / chromatin (クロマチン) / NUCLEAR PROTEIN / NUCLEAR PROTEIN-DNA complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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