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タイトルEvolution of a virus-like architecture and packaging mechanism in a repurposed bacterial protein.
ジャーナル・号・ページScience, Vol. 372, Issue 6547, Page 1220-1224, Year 2021
掲載日2021年6月11日
著者Stephan Tetter / Naohiro Terasaka / Angela Steinauer / Richard J Bingham / Sam Clark / Andrew J P Scott / Nikesh Patel / Marc Leibundgut / Emma Wroblewski / Nenad Ban / Peter G Stockley / Reidun Twarock / Donald Hilvert /
PubMed 要旨Viruses are ubiquitous pathogens of global impact. Prompted by the hypothesis that their earliest progenitors recruited host proteins for virion formation, we have used stringent laboratory evolution ...Viruses are ubiquitous pathogens of global impact. Prompted by the hypothesis that their earliest progenitors recruited host proteins for virion formation, we have used stringent laboratory evolution to convert a bacterial enzyme that lacks affinity for nucleic acids into an artificial nucleocapsid that efficiently packages and protects multiple copies of its own encoding messenger RNA. Revealing remarkable convergence on the molecular hallmarks of natural viruses, the accompanying changes reorganized the protein building blocks into an interlaced 240-subunit icosahedral capsid that is impermeable to nucleases, and emergence of a robust RNA stem-loop packaging cassette ensured high encapsidation yields and specificity. In addition to evincing a plausible evolutionary pathway for primordial viruses, these findings highlight practical strategies for developing nonviral carriers for diverse vaccine and delivery applications.
リンクScience / PubMed:34112695 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.04 - 7.04 Å
構造データ

11631

7a4f

EMDB-11631, PDB-7a4f:
Aquifex aeolicus lumazine synthase-derived nucleocapsid variant NC-1 (120-mer)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

11632

7a4g

EMDB-11632, PDB-7a4g:
Aquifex aeolicus lumazine synthase-derived nucleocapsid variant NC-1 (180-mer)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

11633

7a4h

EMDB-11633, PDB-7a4h:
Aquifex aeolicus lumazine synthase-derived nucleocapsid variant NC-2 (180-mer)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.5 Å

11634

7a4i

EMDB-11634, PDB-7a4i:
Aquifex aeolicus lumazine synthase-derived nucleocapsid variant NC-3
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.04 Å

11635

7a4j

EMDB-11635, PDB-7a4j:
Aquifex aeolicus lumazine synthase-derived nucleocapsid variant NC-4
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.04 Å

由来
  • escherichia virus lambda (ウイルス)
  • aquifex aeolicus vf5 (バクテリア)
キーワードVIRUS LIKE PARTICLE (ウイルス様粒子) / capsid (カプシド) / design (デザイン) / virus mimic

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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