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タイトルMechanism of membrane-tethered mitochondrial protein synthesis.
ジャーナル・号・ページScience, Vol. 371, Issue 6531, Page 846-849, Year 2021
掲載日2021年2月19日
著者Yuzuru Itoh / Juni Andréll / Austin Choi / Uwe Richter / Priyanka Maiti / Robert B Best / Antoni Barrientos / Brendan J Battersby / Alexey Amunts /
PubMed 要旨Mitochondrial ribosomes (mitoribosomes) are tethered to the mitochondrial inner membrane to facilitate the cotranslational membrane insertion of the synthesized proteins. We report cryo-electron ...Mitochondrial ribosomes (mitoribosomes) are tethered to the mitochondrial inner membrane to facilitate the cotranslational membrane insertion of the synthesized proteins. We report cryo-electron microscopy structures of human mitoribosomes with nascent polypeptide, bound to the insertase oxidase assembly 1-like (OXA1L) through three distinct contact sites. OXA1L binding is correlated with a series of conformational changes in the mitoribosomal large subunit that catalyze the delivery of newly synthesized polypeptides. The mechanism relies on the folding of mL45 inside the exit tunnel, forming two specific constriction sites that would limit helix formation of the nascent chain. A gap is formed between the exit and the membrane, making the newly synthesized proteins accessible. Our data elucidate the basis by which mitoribosomes interact with the OXA1L insertase to couple protein synthesis and membrane delivery.
リンクScience / PubMed:33602856 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.59 - 3.2 Å
構造データ

EMDB-11278, PDB-6zm5:
Human mitochondrial ribosome in complex with OXA1L, mRNA, A/A tRNA, P/P tRNA and nascent polypeptide
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.89 Å

EMDB-11279, PDB-6zm6:
Human mitochondrial ribosome in complex with mRNA, A/A tRNA and P/P tRNA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.59 Å

EMDB-11280:
Human mitochondrial ribosome in complex with OXA1L, mRNA, A/A tRNA, P/P tRNA and nascent polypeptide, local-masked aligned on CP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

EMDB-11281:
Human mitochondrial ribosome in complex with OXA1L, mRNA, A/A tRNA, P/P tRNA and nascent polypeptide, local-masked aligned on L10-L7/L12-stalk
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.16 Å

EMDB-11282:
Human mitochondrial ribosome in complex with OXA1L, mRNA, A/A tRNA, P/P tRNA and nascent polypeptide, local-masked aligned on SSU body
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.03 Å

EMDB-11283:
Human mitochondrial ribosome in complex with OXA1L, mRNA, A/A tRNA, P/P tRNA and nascent polypeptide, local-masked aligned on SSU head
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.07 Å

EMDB-11284:
Human mitochondrial ribosome in complex with mRNA, A/A tRNA and P/P tRNA, local-masked aligned on CP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.89 Å

EMDB-11285:
Human mitochondrial ribosome in complex with mRNA, A/A tRNA and P/P tRNA, local-masked aligned on L10-L7/L12-stalk
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.89 Å

EMDB-11286:
Human mitochondrial ribosome in complex with mRNA, A/A tRNA and P/P tRNA, local-masked aligned on SSU body
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.78 Å

EMDB-11287:
Human mitochondrial ribosome in complex with mRNA, A/A tRNA and P/P tRNA, local-masked aligned on SSU head.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.84 Å

化合物

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-K:
Unknown entry / カリウムカチオン

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-FES:
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM / アデノシン三リン酸

ChemComp-GTP:
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / GTP, エネルギー貯蔵分子*YM / グアノシン三リン酸

ChemComp-ALA:
ALANINE / アラニン / アラニン

ChemComp-HOH:
WATER /

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / mitochondrion (ミトコンドリア) / translation (翻訳 (生物学)) / membrane insertion / translocon (トランスロコン) / peptidyl-tRNA (細菌の翻訳) / closed nascent-polypeptide tunnel

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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