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タイトルRibosome heterogeneity in Drosophila melanogaster gonads through paralog-switching.
ジャーナル・号・ページNucleic Acids Res, Vol. 50, Issue 4, Page 2240-2257, Year 2022
掲載日2022年2月28日
著者Tayah Hopes / Karl Norris / Michaela Agapiou / Charley G P McCarthy / Philip A Lewis / Mary J O'Connell / Juan Fontana / Julie L Aspden /
PubMed 要旨Ribosomes have long been thought of as homogeneous macromolecular machines, but recent evidence suggests they are heterogeneous and could be specialised to regulate translation. Here, we have ...Ribosomes have long been thought of as homogeneous macromolecular machines, but recent evidence suggests they are heterogeneous and could be specialised to regulate translation. Here, we have characterised ribosomal protein heterogeneity across 4 tissues of Drosophila melanogaster. We find that testes and ovaries contain the most heterogeneous ribosome populations, which occurs through a combination of paralog-enrichment and paralog-switching. We have solved structures of ribosomes purified from in vivo tissues by cryo-EM, revealing differences in precise ribosomal arrangement for testis and ovary 80S ribosomes. Differences in the amino acid composition of paralog pairs and their localisation on the ribosome exterior indicate paralog-switching could alter the ribosome surface, enabling different proteins to regulate translation. One testis-specific paralog-switching pair is also found in humans, suggesting this is a conserved site of ribosome heterogeneity. Overall, this work allows us to propose that mRNA translation might be regulated in the gonads through ribosome heterogeneity, providing a potential means of ribosome specialisation.
リンクNucleic Acids Res / PubMed:34283226 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.0 - 4.9 Å
構造データ

10622

6xu6

EMDB-10622, PDB-6xu6:
Drosophila melanogaster Testis 80S ribosome
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

10623

6xu7

EMDB-10623, PDB-6xu7:
Drosophila melanogaster Testis polysome ribosome
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.9 Å

10624

6xu8

EMDB-10624, PDB-6xu8:
Drosophila melanogaster Ovary 80S ribosome
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

由来
  • drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
  • Fruit fly (キイロショウジョウバエ)
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / Specialised ribosome / Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) / Testis (精巣) / Ovary

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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