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タイトルA Peptide Derived from Lens Epithelium-Derived Growth Factor Stimulates HIV-1 DNA Integration and Facilitates Intasome Structural Studies.
ジャーナル・号・ページJ Mol Biol, Vol. 432, Issue 7, Page 2055-2066, Year 2020
掲載日2020年3月27日
著者Min Li / Xuemin Chen / Huaibin Wang / Kellie A Jurado / Alan N Engelman / Robert Craigie /
PubMed 要旨The low solubility and aggregation properties of HIV-1 integrase (IN) are major obstacles for biochemical and structural studies. The lens epithelium-derived growth factor (LEDGF) is a cellular ...The low solubility and aggregation properties of HIV-1 integrase (IN) are major obstacles for biochemical and structural studies. The lens epithelium-derived growth factor (LEDGF) is a cellular factor that binds IN and tethers preintegration complexes to chromatin before integration. The LEDGF also stimulates HIV-1 IN DNA strand transfer activity and improves its solubility in vitro. We show that these properties are conferred by a short peptide spanning residues 178 to 197 of the LEDGF that encompasses its AT-hook DNA-binding elements. The peptide stimulates HIV-1 IN activity both in trans and in cis. Fusion of the peptide to either the N- or C-terminus of IN results in maximal stimulation of concerted integration activity and greatly improves the solubility of the protein and nucleoprotein complexes of IN with viral DNA ends (intasomes). High-resolution structures of HIV-1 intasomes are required to understand the mechanism of IN strand transfer inhibitors (INSTIs), which are front-line drugs for the treatment of HIV-1, and how the virus can develop resistance to INSTIs. We have previously determined the structure of the HIV-1 strand transfer complex intasome. The improved biophysical properties of intasomes assembled with LEDGF peptide fusion IN have enabled us to determine the structure of the cleaved synaptic complex intasome, which is the direct target of INSTIs.
リンクJ Mol Biol / PubMed:32061936 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度4.5 - 4.67 Å
構造データ

20689

6u8q

EMDB-20689, PDB-6u8q:
CryoEM structure of HIV-1 cleaved synaptic complex (CSC) intasome
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.67 Å

21151

6vdk

EMDB-21151, PDB-6vdk:
CryoEM structure of HIV-1 conserved Intasome Core
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.5 Å

化合物

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-DLU:
(4R,12aS)-N-(2,4-difluorobenzyl)-7-hydroxy-4-methyl-6,8-dioxo-3,4,6,8,12,12a-hexahydro-2H-pyrido[1',2':4,5]pyrazino[2,1-b][1,3]oxazine-9-carboxamide / ドルテグラビル / 薬剤, 抗レトロウイルス剤*YM / ドルテグラビル

由来
  • human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
  • escherichia coli (大腸菌)
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR/DNA / site-specific recombination / retrovirus (レトロウイルス科) / integrase (インテグラーゼ) / integration / nucleoprotein complex (核タンパク質) / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR-DNA complex / TRANSFERASE/DNA / retroviruses / DNA complex (デオキシリボ核酸) / integrase strand transfer inhibitor / TRANSFERASE-DNA complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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