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タイトルCryo-electron Microscopy Structure of the Acinetobacter baumannii 70S Ribosome and Implications for New Antibiotic Development.
ジャーナル・号・ページmBio, Vol. 11, Issue 1, Year 2020
掲載日2020年1月21日
著者Christopher E Morgan / Wei Huang / Susan D Rudin / Derek J Taylor / James E Kirby / Robert A Bonomo / Edward W Yu /
PubMed 要旨Antimicrobial resistance is a major health threat as it limits treatment options for infection. At the forefront of this serious issue is , a Gram-negative opportunistic pathogen that exhibits the ...Antimicrobial resistance is a major health threat as it limits treatment options for infection. At the forefront of this serious issue is , a Gram-negative opportunistic pathogen that exhibits the remarkable ability to resist antibiotics through multiple mechanisms. As bacterial ribosomes represent a target for multiple distinct classes of existing antimicrobial agents, we here use single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM) to elucidate five different structural states of the ribosome, including the 70S, 50S, and 30S forms. We also determined interparticle motions of the 70S ribosome in different tRNA bound states using three-dimensional (3D) variability analysis. Together, our structural data further our understanding of the ribosome from and other Gram-negative pathogens and will enable structure-based drug discovery to combat antibiotic-resistant bacterial infections. is a severe nosocomial threat largely due to its intrinsic antibiotic resistance and remarkable ability to acquire new resistance determinants. The bacterial ribosome serves as a major target for modern antibiotics and the design of new therapeutics. Here, we present cryo-EM structures of the 70S ribosome, revealing several unique species-specific structural features that may facilitate future drug development to combat this recalcitrant bacterial pathogen.
リンクmBio / PubMed:31964740 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.82 - 4.4 Å
構造データ

21030

6v39

EMDB-21030, PDB-6v39:
Cryo-EM structure of the Acinetobacter baumannii Ribosome: 70S with P-site tRNA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.04 Å

21031

6v3a

EMDB-21031, PDB-6v3a:
Cryo-EM structure of the Acinetobacter baumannii Ribosome: 70S with E-site tRNA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.82 Å

21032

6v3b

EMDB-21032, PDB-6v3b:
Cryo-EM structure of the Acinetobacter baumannii Ribosome: 70S in Empty state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.91 Å

21033

6v3d

EMDB-21033, PDB-6v3d:
Cryo-EM structure of the Acinetobacter baumannii Ribosome: 50S subunit
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.95 Å

21034

6v3e

EMDB-21034, PDB-6v3e:
Cryo-EM structure of the Acinetobacter baumannii Ribosome: 30S subunit
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.4 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-FME:
N-FORMYLMETHIONINE / N-ホルミルメチオニン / N-ホルミルメチオニン

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-NA:
Unknown entry / ナトリウムカチオン

ChemComp-HOH:
WATER / 水

由来
  • acinetobacter baumannii ab0057 (バクテリア)
  • acinetobacter sp. cip 51.11 (バクテリア)
  • acinetobacter beijerinckii anc 3835 (バクテリア)
  • acinetobacter baumannii (strain ab0057) (バクテリア)
  • acinetobacter sp. anc 4470 (バクテリア)
  • acinetobacter sp. niph 899 (バクテリア)
  • acinetobacter baumannii (バクテリア)
  • acinetobacter sp. 809848 (バクテリア)
  • acinetobacter rudis cip 110305 (バクテリア)
  • acinetobacter sp. cip 102082 (バクテリア)
  • acinetobacter sp. anc 5600 (バクテリア)
  • acinetobacter sp. 263903-1 (バクテリア)
  • acinetobacter venetianus (バクテリア)
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / Acinetobacter baumannii

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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