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Structure paper

タイトルCryo-EM structures reveal coordinated domain motions that govern DNA cleavage by Cas9.
ジャーナル・号・ページNat Struct Mol Biol, Vol. 26, Issue 8, Page 679-685, Year 2019
掲載日2019年7月8日
著者Xing Zhu / Ryan Clarke / Anupama K Puppala / Sagar Chittori / Alan Merk / Bradley J Merrill / Miljan Simonović / Sriram Subramaniam /
PubMed 要旨The RNA-guided Cas9 endonuclease from Streptococcus pyogenes is a single-turnover enzyme that displays a stable product state after double-stranded-DNA cleavage. Here, we present cryo-EM structures ...The RNA-guided Cas9 endonuclease from Streptococcus pyogenes is a single-turnover enzyme that displays a stable product state after double-stranded-DNA cleavage. Here, we present cryo-EM structures of precatalytic, postcatalytic and product states of the active Cas9-sgRNA-DNA complex in the presence of Mg. In the precatalytic state, Cas9 adopts the 'checkpoint' conformation with the HNH nuclease domain positioned far away from the DNA. Transition to the postcatalytic state involves a dramatic ~34-Å swing of the HNH domain and disorder of the REC2 recognition domain. The postcatalytic state captures the cleaved substrate bound to the catalytically competent HNH active site. In the product state, the HNH domain is disordered, REC2 returns to the precatalytic conformation, and additional interactions of REC3 and RuvC with nucleic acids are formed. The coupled domain motions and interactions between the enzyme and the RNA-DNA hybrid provide new insights into the mechanism of genome editing by Cas9.
リンクNat Struct Mol Biol / PubMed:31285607 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.28 - 3.37 Å
構造データ

0583

6o0x

EMDB-0583, PDB-6o0x:
Conformational states of Cas9-sgRNA-DNA ternary complex in the presence of magnesium
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.28 Å

0584

6o0y

EMDB-0584, PDB-6o0y:
Conformational states of Cas9-sgRNA-DNA ternary complex in the presence of magnesium
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.37 Å

0585

6o0z

EMDB-0585, PDB-6o0z:
Conformational states of Cas9-sgRNA-DNA ternary complex in the presence of magnesium
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

由来
  • streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)
  • synthetic construct (人工物)
キーワードHYDROLASE/RNA/DNA / CRISPR (CRISPR) / Cas9 (Cas9) / Nuclease (ヌクレアーゼ) / Genome editing (ゲノム編集) / HYDROLASE (加水分解酵素) / HYDROLASE-RNA-DNA complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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