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タイトルCryo-EM Structure of Chikungunya Virus in Complex with the Mxra8 Receptor.
ジャーナル・号・ページCell, Vol. 177, Issue 7, Page 1725-1737.e16, Year 2019
掲載日2019年6月13日
著者Katherine Basore / Arthur S Kim / Christopher A Nelson / Rong Zhang / Brittany K Smith / Carla Uranga / Lo Vang / Ming Cheng / Michael L Gross / Jonathan Smith / Michael S Diamond / Daved H Fremont /
PubMed 要旨Mxra8 is a receptor for multiple arthritogenic alphaviruses that cause debilitating acute and chronic musculoskeletal disease in humans. Herein, we present a 2.2 Å resolution X-ray crystal ...Mxra8 is a receptor for multiple arthritogenic alphaviruses that cause debilitating acute and chronic musculoskeletal disease in humans. Herein, we present a 2.2 Å resolution X-ray crystal structure of Mxra8 and 4 to 5 Å resolution cryo-electron microscopy reconstructions of Mxra8 bound to chikungunya (CHIKV) virus-like particles and infectious virus. The Mxra8 ectodomain contains two strand-swapped Ig-like domains oriented in a unique disulfide-linked head-to-head arrangement. Mxra8 binds by wedging into a cleft created by two adjacent CHIKV E2-E1 heterodimers in one trimeric spike and engaging a neighboring spike. Two binding modes are observed with the fully mature VLP, with one Mxra8 binding with unique contacts. Only the high-affinity binding mode was observed in the complex with infectious CHIKV, as viral maturation and E3 occupancy appear to influence receptor binding-site usage. Our studies provide insight into how Mxra8 binds CHIKV and creates a path for developing alphavirus entry inhibitors.
リンクCell / PubMed:31080061 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度2.2 - 4.99 Å
構造データ

9393

6nk5

EMDB-9393, PDB-6nk5:
Electron Cryo-Microscopy Of Chikungunya VLP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.16 Å

9394

6nk6

EMDB-9394, PDB-6nk6:
Electron Cryo-Microscopy Of Chikungunya VLP in complex with mouse Mxra8 receptor
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.06 Å

9395

6nk7

EMDB-9395, PDB-6nk7:
Electron Cryo-Microscopy of Chikungunya in Complex with Mouse Mxra8 Receptor
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.99 Å

PDB-6nk3:
Crystal structure of murine Mxra8 ectodomain
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.2 Å

化合物

ChemComp-HOH:
WATER / 水

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

由来
  • chikungunya virus (strain 37997) (チクングニア熱)
  • mus musculus (ハツカネズミ)
  • chikungunya virus strain senegal 37997 (チクングニア熱)
  • chikungunya virus (チクングニヤウイルス)
キーワードCELL INVASION / Chikungunya (チクングニア熱) / virus receptor / Immunoglobulin-like (抗体) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / VIRUS LIKE PARTICLE (ウイルス様粒子) / virus-like particle (ウイルス様粒子) / VIRUS LIKE PARTICLE/SIGNALING PROTEIN / viral receptor / Mxra8 / VIRUS LIKE PARTICLE-SIGNALING PROTEIN complex / VIRUS (ウイルス)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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