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タイトルCryo-EM Structures of Eastern Equine Encephalitis Virus Reveal Mechanisms of Virus Disassembly and Antibody Neutralization.
ジャーナル・号・ページCell Rep, Vol. 25, Issue 11, Page 3136-33147.e5, Year 2018
掲載日2018年12月11日
著者S Saif Hasan / Chengqun Sun / Arthur S Kim / Yasunori Watanabe / Chun-Liang Chen / Thomas Klose / Geeta Buda / Max Crispin / Michael S Diamond / William B Klimstra / Michael G Rossmann /
PubMed 要旨Alphaviruses are enveloped pathogens that cause arthritis and encephalitis. Here, we report a 4.4-Å cryoelectron microscopy (cryo-EM) structure of eastern equine encephalitis virus (EEEV), an ...Alphaviruses are enveloped pathogens that cause arthritis and encephalitis. Here, we report a 4.4-Å cryoelectron microscopy (cryo-EM) structure of eastern equine encephalitis virus (EEEV), an alphavirus that causes fatal encephalitis in humans. Our analysis provides insights into viral entry into host cells. The envelope protein E2 showed a binding site for the cellular attachment factor heparan sulfate. The presence of a cryptic E2 glycan suggests how EEEV escapes surveillance by lectin-expressing myeloid lineage cells, which are sentinels of the immune system. A mechanism for nucleocapsid core release and disassembly upon viral entry was inferred based on pH changes and capsid dissociation from envelope proteins. The EEEV capsid structure showed a viral RNA genome binding site adjacent to a ribosome binding site for viral genome translation following genome release. Using five Fab-EEEV complexes derived from neutralizing antibodies, our investigation provides insights into EEEV host cell interactions and protective epitopes relevant to vaccine design.
リンクCell Rep / PubMed:30540945 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度4.4 - 8.2 Å
構造データ

9249

6mui

EMDB-9249, PDB-6mui:
CryoEM structure of chimeric Eastern Equine Encephalitis Virus with Fab of EEEV-42 antibody
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.7 Å

9274

6mw9

EMDB-9274, PDB-6mw9:
CryoEM structure of chimeric Eastern Equine Encephalitis Virus with Fab of EEEV-3 antibody
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.3 Å

9275

6mwc

EMDB-9275, PDB-6mwc:
CryoEM structure of chimeric Eastern Equine Encephalitis Virus with Fab of EEEV-5 antibody
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.5 Å

9278

6mwv

EMDB-9278, PDB-6mwv:
CryoEM structure of Chimeric Eastern Equine Encephalitis Virus with Fab of EEEV-58 Antibody
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.3 Å

9279

6mwx

EMDB-9279, PDB-6mwx:
CryoEM structure of Chimeric Eastern Equine Encephalitis Virus with Fab of EEEV-69 Antibody
手法: EM (単粒子) / 解像度: 8.2 Å

9280

6mx4

EMDB-9280, PDB-6mx4:
CryoEM structure of chimeric Eastern Equine Encephalitis Virus
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.4 Å

9281

6mx7

EMDB-9281, PDB-6mx7:
CryoEM structure of chimeric Eastern Equine Encephalitis Virus: Genome-Binding Capsid N-terminal Domain
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.8 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

由来
  • mus musculus (ハツカネズミ)
  • EEEV (東部ウマ脳炎ウイルス)
  • Mouse (ネズミ)
  • eastern equine encephalitis virus (東部ウマ脳炎ウイルス)
キーワードVIRUS/IMMUNE SYSTEM / Alphavirus / EEEV / Eastern Equine Encephalitis Virus / Sindbis / Fab / VIRUS-IMMUNE SYSTEM complex / VIRUS (ウイルス)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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