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タイトルMechanism of Enhanced Immature Dengue Virus Attachment to Endosomal Membrane Induced by prM Antibody.
ジャーナル・号・ページStructure, Vol. 27, Issue 2, Page 253-267.e8, Year 2019
掲載日2019年2月5日
著者Melissa Wirawan / Guntur Fibriansah / Jan K Marzinek / Xin Xiang Lim / Thiam-Seng Ng / Adelene Y L Sim / Qian Zhang / Victor A Kostyuchenko / Jian Shi / Scott A Smith / Chandra S Verma / Ganesh Anand / James E Crowe / Peter J Bond / Shee-Mei Lok /
PubMed 要旨Dengue virus (DENV) particles are released from cells in different maturation states. Fully immature DENV (immDENV) is generally non-infectious, but can become infectious when complexed with anti- ...Dengue virus (DENV) particles are released from cells in different maturation states. Fully immature DENV (immDENV) is generally non-infectious, but can become infectious when complexed with anti-precursor membrane (prM) protein antibodies. It is unknown how anti-prM antibody-coated particles can undergo membrane fusion since the prM caps the envelope (E) protein fusion loop. Here, we determined cryoelectron microscopy (cryo-EM) maps of the immDENV:anti-prM complex at different pH values, mimicking the extracellular (pH 8.0) or endosomal (pH 5.0) environments. At pH 5.0, there are two structural classes with fewer antibodies bound than at pH 8.0. These classes may represent different maturation states. Molecular simulations, together with the measured high-affinity pr:antibody interaction (versus the weak pr:E interaction) and also the low pH cryo-EM structures, suggest how antibody:pr complex can dislodge from the E protein at low pH. This exposes the E protein fusion loop enhancing virus interaction with endosomes.
リンクStructure / PubMed:30471923 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度12.0 - 25.0 Å
構造データ

9649

6idi

EMDB-9649, PDB-6idi:
Cryo-EM structure of Immature Dengue virus serotype 3 in complex with human antibody 1H10 Fab at pH 8.0.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 12.0 Å

9650

6idk

EMDB-9650, PDB-6idk:
Cryo-EM structure of Immature Dengue virus serotype 3 in complex with human antibody 1H10 Fab at pH 5.0 (Class I particle)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

9651

6idl

EMDB-9651, PDB-6idl:
Cryo-EM structure of Immature Dengue virus serotype 3 in complex with human antibody 1H10 Fab at pH 5.0 (Class II particle)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • dengue virus 3 (デング熱ウイルス)
キーワードVIRUS (ウイルス) / immature dengue virus / human antibody (抗体)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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