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Structure paper

タイトルStructure of a eukaryotic cytoplasmic pre-40S ribosomal subunit.
ジャーナル・号・ページEMBO J, Vol. 37, Issue 7, Year 2018
掲載日2018年4月3日
著者Alain Scaiola / Cohue Peña / Melanie Weisser / Daniel Böhringer / Marc Leibundgut / Purnima Klingauf-Nerurkar / Stefan Gerhardy / Vikram Govind Panse / Nenad Ban /
PubMed 要旨Final maturation of eukaryotic ribosomes occurs in the cytoplasm and requires the sequential removal of associated assembly factors and processing of the immature 20S pre-RNA Using cryo-electron ...Final maturation of eukaryotic ribosomes occurs in the cytoplasm and requires the sequential removal of associated assembly factors and processing of the immature 20S pre-RNA Using cryo-electron microscopy (cryo-EM), we have determined the structure of a yeast cytoplasmic pre-40S particle in complex with Enp1, Ltv1, Rio2, Tsr1, and Pno1 assembly factors poised to initiate final maturation. The structure reveals that the pre-rRNA adopts a highly distorted conformation of its 3' major and 3' minor domains stabilized by the binding of the assembly factors. This observation is consistent with a mechanism that involves concerted release of the assembly factors orchestrated by the folding of the rRNA in the head of the pre-40S subunit during the final stages of maturation. Our results provide a structural framework for the coordination of the final maturation events that drive a pre-40S particle toward the mature form capable of engaging in translation.
リンクEMBO J / PubMed:29459436 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.1 - 4.3 Å
構造データ

4214

6fai

EMDB-4214, PDB-6fai:
Structure of a eukaryotic cytoplasmic pre-40S ribosomal subunit
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

EMDB-4215:
Yeast 80S ribosome with an uncleaved 20S rRNA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

EMDB-4216:
Structure of a eukaryotic cytoplasmic pre-40S ribosomal subunit, classified for Rio2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

EMDB-4217:
Structure of a eukaryotic cytoplasmic pre-40S ribosomal subunit, classified for Enp1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.0 Å

EMDB-4218:
Structure of a eukaryotic cytoplasmic pre-40S ribosomal subunit, classified for Dim1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.3 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

由来
  • saccharomyces cerevisiae (strain atcc 204508 / s288c) (パン酵母)
  • Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / pre-40S ribosme / cryo-EM (低温電子顕微鏡法) / ribosome assembly (リボソーム) / ribosomes (リボソーム) / ribosome biogenesis (リボソーム生合成)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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