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タイトルBypassing pan-enterovirus host factor PLA2G16.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 10, Issue 1, Page 3171, Year 2019
掲載日2019年7月18日
著者Jim Baggen / Yue Liu / Heyrhyoung Lyoo / Arno L W van Vliet / Maryam Wahedi / Jost W de Bruin / Richard W Roberts / Pieter Overduin / Adam Meijer / Michael G Rossmann / Hendrik Jan Thibaut / Frank J M van Kuppeveld /
PubMed 要旨Enteroviruses are a major cause of human disease. Adipose-specific phospholipase A2 (PLA2G16) was recently identified as a pan-enterovirus host factor and potential drug target. In this study, we ...Enteroviruses are a major cause of human disease. Adipose-specific phospholipase A2 (PLA2G16) was recently identified as a pan-enterovirus host factor and potential drug target. In this study, we identify a possible mechanism of PLA2G16 evasion by employing a dual glycan receptor-binding enterovirus D68 (EV-D68) strain. We previously showed that this strain does not strictly require the canonical EV-D68 receptor sialic acid. Here, we employ a haploid screen to identify sulfated glycosaminoglycans (sGAGs) as its second glycan receptor. Remarkably, engagement of sGAGs enables this virus to bypass PLA2G16. Using cryo-EM analysis, we reveal that, in contrast to sialic acid, sGAGs stimulate genome release from virions via structural changes that enlarge the putative openings for genome egress. Together, we describe an enterovirus that can bypass PLA2G16 and identify additional virion destabilization as a potential mechanism to circumvent PLA2G16.
リンクNat Commun / PubMed:31320648 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.43 - 3.56 Å
構造データ

7632

6cv1

EMDB-7632, PDB-6cv1:
CryoEM structure of human enterovirus D68 full particle (after incubation with heparin-derived hexasaccharide)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.76 Å

7633

6cv2

EMDB-7633, PDB-6cv2:
CryoEM structure of human enterovirus D68 full virion
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.86 Å

7634

6cv3

EMDB-7634, PDB-6cv3:
CryoEM structure of human enterovirus D68 emptied particle
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.56 Å

7635

6cv4

EMDB-7635, PDB-6cv4:
CryoEM structure of human enterovirus D68 emptied particle (after incubation with low molecular weight heparin)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.03 Å

7636

6cv5

EMDB-7636, PDB-6cv5:
CryoEM structure of human enterovirus D68 full particle (after incubation with low molecular weight heparin)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.79 Å

7638

6cvb

EMDB-7638, PDB-6cvb:
CryoEM structure of human enterovirus D68 in complex with 6'-sialyl-N-acetyllactosamine
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.43 Å

化合物

ChemComp-HOH:
WATER / 水

由来
  • enterovirus d68 (エンテロウイルス)
キーワードVIRUS (ウイルス) / genome release / receptor (受容体)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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