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Structure paper

タイトルThe Therapeutic Antibody LM609 Selectively Inhibits Ligand Binding to Human αβ Integrin via Steric Hindrance.
ジャーナル・号・ページStructure, Vol. 25, Issue 11, Page 1732-11739.e5, Year 2017
掲載日2017年11月7日
著者Andrew J Borst / Zachary M James / William N Zagotta / Mark Ginsberg / Felix A Rey / Frank DiMaio / Marija Backovic / David Veesler /
PubMed 要旨The LM609 antibody specifically recognizes αβ integrin and inhibits angiogenesis, bone resorption, and viral infections in an arginine-glycine-aspartate-independent manner. LM609 entered phase II ...The LM609 antibody specifically recognizes αβ integrin and inhibits angiogenesis, bone resorption, and viral infections in an arginine-glycine-aspartate-independent manner. LM609 entered phase II clinical trials for the treatment of several cancers and was also used for αβ-targeted radioimmunotherapy. To elucidate the mechanisms of recognition and inhibition of αβ integrin, we solved the structure of the LM609 antigen-binding fragment by X-ray crystallography and determined its binding affinity for αβ. Using single-particle electron microscopy, we show that LM609 binds at the interface between the β-propeller domain of the α chain and the βI domain of the β chain, near the RGD-binding site, of all observed integrin conformational states. Integrating these data with fluorescence size-exclusion chromatography, we demonstrate that LM609 sterically hinders access of large ligands to the RGD-binding pocket, without obstructing it. This work provides a structural framework to expedite future efforts utilizing LM609 as a diagnostic or therapeutic tool.
リンクStructure / PubMed:29033288 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度2.26 - 35.0 Å
構造データ

7011

6avq

EMDB-7011, PDB-6avq:
The Therapeutic Antibody LM609 Selectively Inhibits Ligand Binding to Human alpha-V beta-3 Integrin via Steric Hindrance
手法: EM (単粒子) / 解像度: 35.0 Å

7012

6avr

EMDB-7012, PDB-6avr:
Human alpha-V beta-3 Integrin (intermediate conformation) in complex with the therapeutic antibody LM609
手法: EM (単粒子) / 解像度: 35.0 Å

7013

6avu

EMDB-7013, PDB-6avu:
Human alpha-V beta-3 Integrin (open conformation) in complex with the therapeutic antibody LM609
手法: EM (単粒子) / 解像度: 35.0 Å

PDB-5opy:
Crystal structure of anti-alphaVbeta3 integrin Fab LM609
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.26 Å

化合物

ChemComp-HOH:
WATER / 水

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • mus musculus (ハツカネズミ)
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / Antigen-binding fragment / Fab / LM609 / SIGNALING PROTEIN / alpha-V beta-3 integrin / vitaxin / abegrin

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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