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Structure paper

タイトルThe Complete Structure of the Mycobacterium smegmatis 70S Ribosome.
ジャーナル・号・ページCell Rep, Vol. 20, Issue 1, Page 149-160, Year 2017
掲載日2017年7月5日
著者Jendrik Hentschel / Chloe Burnside / Ingrid Mignot / Marc Leibundgut / Daniel Boehringer / Nenad Ban /
PubMed 要旨The ribosome carries out the synthesis of proteins in every living cell. It consequently represents a frontline target in anti-microbial therapy. Tuberculosis ranks among the leading causes of death ...The ribosome carries out the synthesis of proteins in every living cell. It consequently represents a frontline target in anti-microbial therapy. Tuberculosis ranks among the leading causes of death worldwide, due in large part to the combination of difficult-to-treat latency and antibiotic resistance. Here, we present the 3.3-Å cryo-EM structure of the 70S ribosome of Mycobacterium smegmatis, a close relative to the human pathogen Mycobacterium tuberculosis. The structure reveals two additional ribosomal proteins and localizes them to the vicinity of drug-target sites in both the catalytic center and the decoding site of the ribosome. Furthermore, we visualized actinobacterium-specific rRNA and protein expansions that extensively remodel the ribosomal surface with implications for polysome organization. Our results provide a foundation for understanding the idiosyncrasies of mycobacterial translation and reveal atomic details of the structure that will facilitate the design of anti-tubercular therapeutics.
リンクCell Rep / PubMed:28683309
手法EM (単粒子)
解像度3.18 - 3.45 Å
構造データ

3748

5o5j

EMDB-3748: Cryo-EM reconstruction of the small subunit of the Mycobacterium smegmatis ribosome
PDB-5o5j: Structure of the 30S small ribosomal subunit from Mycobacterium smegmatis
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.45 Å

3750

5o60

EMDB-3750: Cryo-EM reconstruction of the large subunit of the Mycobacterium smegmatis ribosome
PDB-5o60: Structure of the 50S large ribosomal subunit from Mycobacterium smegmatis
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.18 Å

3751

5o61

EMDB-3751: Cryo-EM reconstruction of the Mycobacterium smegmatis 70S ribosome
PDB-5o61: The complete structure of the Mycobacterium smegmatis 70S ribosome
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.31 Å

化合物

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-PHE:
PHENYLALANINE / フェニルアラニン / フェニルアラニン

由来
  • mycobacterium smegmatis str. mc2 155 (バクテリア)
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / translation (翻訳 (生物学))

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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