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Structure paper

タイトルAssembly, maturation and three-dimensional helical structure of the teratogenic rubella virus.
ジャーナル・号・ページPLoS Pathog, Vol. 13, Issue 6, Page e1006377, Year 2017
掲載日2017年6月2日
著者Vidya Mangala Prasad / Thomas Klose / Michael G Rossmann /
PubMed 要旨Viral infections during pregnancy are a significant cause of infant morbidity and mortality. Of these, rubella virus infection is a well-substantiated example that leads to miscarriages or severe ...Viral infections during pregnancy are a significant cause of infant morbidity and mortality. Of these, rubella virus infection is a well-substantiated example that leads to miscarriages or severe fetal defects. However, structural information about the rubella virus has been lacking due to the pleomorphic nature of the virions. Here we report a helical structure of rubella virions using cryo-electron tomography. Sub-tomogram averaging of the surface spikes established the relative positions of the viral glycoproteins, which differed from the earlier icosahedral models of the virus. Tomographic analyses of in vitro assembled nucleocapsids and virions provide a template for viral assembly. Comparisons of immature and mature virions show large rearrangements in the glycoproteins that may be essential for forming the infectious virions. These results present the first known example of a helical membrane-enveloped virus, while also providing a structural basis for its assembly and maturation pathway.
リンクPLoS Pathog / PubMed:28575072 / PubMed Central
手法EM (サブトモグラム平均)
解像度11.1 - 35.0 Å
構造データ

8248

5khc

EMDB-8248: Subtomogram-averaged surface glycoprotein spike density of rubella virus
PDB-5khc: Structure of rubella virus E1 glycoprotein ectodomain fitted into sub-tomogram averaged surface spike density of rubella virus
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 11.1 Å

8249

5khe

EMDB-8249: Subtomogram-averaged map of a single rubella virus capsid unit
PDB-5khe: Fitted structure of rubella virus capsid protein
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 35.0 Å

8250

5khf

EMDB-8250: Subtomogram-averaged map of a single rubella virus capsid unit
PDB-5khf: Fitted structure of rubella virus capsid protein
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 35.0 Å

EMDB-8251:
Subtomogram-averaged map of in vitro assembled rubella virus capsid protein tetramer complex
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 35.0 Å

化合物

ChemComp-HOH:
WATER / 水

由来
  • rubella virus (風疹ウイルス)
  • Rubella virus strain M33 (風疹ウイルス)
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / Rubella virus (風疹ウイルス) / surface glycoprotein spike / E1-E2 heterodimer / rubella virus capsid protein

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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