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Structure paper

タイトルLocalized reconstruction of subunits from electron cryomicroscopy images of macromolecular complexes.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 6, Page 8843, Year 2015
掲載日2015年11月4日
著者Serban L Ilca / Abhay Kotecha / Xiaoyu Sun / Minna M Poranen / David I Stuart / Juha T Huiskonen /
PubMed 要旨Electron cryomicroscopy can yield near-atomic resolution structures of highly ordered macromolecular complexes. Often however some subunits bind in a flexible manner, have different symmetry from the ...Electron cryomicroscopy can yield near-atomic resolution structures of highly ordered macromolecular complexes. Often however some subunits bind in a flexible manner, have different symmetry from the rest of the complex, or are present in sub-stoichiometric amounts, limiting the attainable resolution. Here we report a general method for the localized three-dimensional reconstruction of such subunits. After determining the particle orientations, local areas corresponding to the subunits can be extracted and treated as single particles. We demonstrate the method using three examples including a flexible assembly and complexes harbouring subunits with either partial occupancy or mismatched symmetry. Most notably, the method allows accurate fitting of the monomeric RNA-dependent RNA polymerase bound at the threefold axis of symmetry inside a viral capsid, revealing for the first time its exact orientation and interactions with the capsid proteins. Localized reconstruction is expected to provide novel biological insights in a range of challenging biological systems.
リンクNat Commun / PubMed:26534841 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度4.8 - 14.0 Å
構造データ

EMDB-3183:
Localized reconstruction of Sec13/31 vertex from dodecahedral COPII cage
手法: EM (単粒子) / 解像度: 14.0 Å

EMDB-3184:
Localized reconstruction of rotavirus VP4 spike
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.7 Å

3185

5fj5

EMDB-3185, PDB-5fj5:
Structure of the in vitro assembled bacteriophage phi6 polymerase complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.8 Å

3186

5fj6

EMDB-3186, PDB-5fj6:
Structure of the P2 polymerase inside in vitro assembled bacteriophage phi6 polymerase complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.9 Å

3187

5fj7

EMDB-3187, PDB-5fj7:
Structure of the P2 polymerase inside in vitro assembled bacteriophage phi6 polymerase complex, with P1 included
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.9 Å

化合物

ChemComp-MN:
Unknown entry

由来
  • Homo sapiens (ヒト)
  • pseudomonas phage phi6 (ファージ)
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / POLYMERASE COMPLEX (ポリメラーゼ) / TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / BACTERIOPHAGE PHI6 / P2 / POLYMERASE (ポリメラーゼ) / P1

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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