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タイトルThe structure of the dynactin complex and its interaction with dynein.
ジャーナル・号・ページScience, Vol. 347, Issue 6229, Page 1441-1446, Year 2015
掲載日2015年3月27日
著者Linas Urnavicius / Kai Zhang / Aristides G Diamant / Carina Motz / Max A Schlager / Minmin Yu / Nisha A Patel / Carol V Robinson / Andrew P Carter /
PubMed 要旨Dynactin is an essential cofactor for the microtubule motor cytoplasmic dynein-1. We report the structure of the 23-subunit dynactin complex by cryo-electron microscopy to 4.0 angstroms. Our ...Dynactin is an essential cofactor for the microtubule motor cytoplasmic dynein-1. We report the structure of the 23-subunit dynactin complex by cryo-electron microscopy to 4.0 angstroms. Our reconstruction reveals how dynactin is built around a filament containing eight copies of the actin-related protein Arp1 and one of β-actin. The filament is capped at each end by distinct protein complexes, and its length is defined by elongated peptides that emerge from the α-helical shoulder domain. A further 8.2 angstrom structure of the complex between dynein, dynactin, and the motility-inducing cargo adaptor Bicaudal-D2 shows how the translational symmetry of the dynein tail matches that of the dynactin filament. The Bicaudal-D2 coiled coil runs between dynein and dynactin to stabilize the mutually dependent interactions between all three components.
リンクScience / PubMed:25814576 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度3.5 - 12.5 Å
構造データ

EMDB-2854:
CryoEM structure of dynactin complex at 6.3 angstrom resolution
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.3 Å

EMDB-2855:
CryoEM structure of dynactin complex with p150-glued projection
手法: EM (単粒子) / 解像度: 8.6 Å

2856

5adx

EMDB-2856: CryoEM structure of dynactin complex at 4.1 angstrom resolution
PDB-5adx: CryoEM structure of dynactin complex at 4.0 angstrom resolution
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.0 Å

2857

5adx

EMDB-2857: CryoEM reconstruction of dynactin complex from pig brain at 4.0 Angstrom resolution overall
PDB-5adx: CryoEM structure of dynactin complex at 4.0 angstrom resolution
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

2860

5afu

EMDB-2860: Electron cryo-microscopy of dynein/dynactin/GFP-BICD2N complex
PDB-5afu: Cryo-EM structure of dynein tail-dynactin-BICD2N complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 8.2 Å

EMDB-2861:
Electron cryo-microscopy of dynein/dynactin/GFP-BICD2N complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 11.8 Å

EMDB-2862:
Electron cryo-microscopy of dynein/dynactin/BICD2N complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 12.5 Å

PDB-5afr:
N-terminal fragment of dynein heavy chain
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 5.0 Å

化合物

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM / アデノシン二リン酸

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM / アデノシン三リン酸

由来
  • Sus scrofa domesticus (ブタ)
  • Homo sapiens (ヒト)
  • Mus musculus (ハツカネズミ)
  • sus scrofa (ブタ)
  • saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / DYNEIN CO-FACTOR / ACTIN-LIKE FILAMENT / CELLULAR CARGO TRANSPORT / MOTOR PROTEIN (モータータンパク質) / DYNEIN (ダイニン) / TAIL (尾) / HEAVY CHAIN / DYNACTIN (ダイナクチン) / BICD2 / MOTOR (機関 (機械)) / TRANSPORT

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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