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タイトルNeurotransmitter and psychostimulant recognition by the dopamine transporter.
ジャーナル・号・ページNature, Vol. 521, Page 322-327, Year 2015
掲載日2015年1月16日 (構造データの登録日)
著者Wang, K.H. / Penmatsa, A. / Gouaux, E.
リンクNature / PubMed:25970245
手法X線回折
解像度2.8 - 3.36 Å
構造データ

PDB-4xp1:
X-ray structure of Drosophila dopamine transporter bound to neurotransmitter dopamine
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.89 Å

PDB-4xp4:
X-ray structure of Drosophila dopamine transporter in complex with cocaine
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.8 Å

PDB-4xp5:
X-ray structure of Drosophila dopamine transporter bound to cocaine analogue-RTI55
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.3 Å

PDB-4xp6:
X-ray structure of Drosophila dopamine transporter bound to psychostimulant methamphetamine
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.1 Å

PDB-4xp9:
X-ray structure of Drosophila dopamine transporter bound to psychostimulant D-amphetamine
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.8 Å

PDB-4xpa:
X-ray structure of Drosophila dopamine transporter bound to 3,4dichlorophenethylamine
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.95 Å

PDB-4xpb:
X-ray structure of Drosophila dopamine transporter with subsiteB mutations (D121G/S426M) bound to cocaine
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.05 Å

PDB-4xpf:
X-ray structure of Drosophila dopamine transporter with subsiteB mutations (D121G/S426M) bound to RTI-55
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.273 Å

PDB-4xpg:
X-ray structure of Drosophila dopamine transporter with subsiteB mutations (D121G/S426M) bound to beta-CFT or Win35428
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.21 Å

PDB-4xph:
X-ray structure of Drosophila dopamine transporter with subsiteB mutations (D121G/S426M) bound to 3,4dichlorophenethylamine
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.9 Å

PDB-4xpt:
X-ray structure of Drosophila dopamine transporter with subsiteB mutations D121G/S426M and EL2 deletion of 162-201 in complex with substrate analogue 3,4 dichlorophen ethylamine
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.36 Å

化合物

ChemComp-NA:
Unknown entry / ナトリウムカチオン

ChemComp-CL:
Unknown entry / クロリド / 塩化物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

ChemComp-P4G:
1-ETHOXY-2-(2-ETHOXYETHOXY)ETHANE / ジエチレングリコ-ルジエチルエ-テル / Diethylene glycol diethyl ether

ChemComp-LDP:
L-DOPAMINE / ド-パミン / 薬剤*YM / Dopamine (medication)

ChemComp-EDO:
1,2-ETHANEDIOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール

ChemComp-Y01:
CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / コレステリルヘミスクシナ-ト

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL / コレステロ-ル / コレステロール

ChemComp-HOH:
WATER / 水

ChemComp-COC:
COCAINE / (1β,5β,8-anti)-3β-ベンゾイルオキシ-8-メチル-8-アザビシクロ[3.2.1]オクタン-2β-カルボ(以下略) / alkaloid*YM / コカイン

ChemComp-42F:
methyl (1R,2S,3S,5S)-3-(4-iodophenyl)-8-methyl-8-azabicyclo[3.2.1]octane-2-carboxylate / β-CIT

ChemComp-B40:
(2S)-N-methyl-1-phenylpropan-2-amine / メタンフェタミン / メタンフェタミン

ChemComp-MPO:
3[N-MORPHOLINO]PROPANE SULFONIC ACID / MOPS / pH緩衝剤*YM / MOPS (緩衝剤)

ChemComp-1WE:
(2S)-1-phenylpropan-2-amine / d-アンフェタミン / デキストロアンフェタミン

ChemComp-42J:
2-(3,4-dichlorophenyl)ethanamine / 3,4-ジクロロフェネチルアミン

ChemComp-DMU:
DECYL-BETA-D-MALTOPYRANOSIDE / デシルβ-マルトシド / 可溶化剤*YM

ChemComp-42L:
methyl (1R,2S,3S,5S)-3-(4-fluorophenyl)-8-methyl-8-azabicyclo[3.2.1]octane-2-carboxylate / (1β,5β,8-anti)-3β-(4-フルオロフェニル)-8-メチル-8-アザビシクロ[3.2.1]オクタン-2β(以下略) / 阻害剤*YM / WIN-35428

由来
  • drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
  • mus musculus (ハツカネズミ)
キーワードmembrane protein/transport protein (生体膜) / integral membrane protein / membrane protein-transport protein complex (生体膜) / transport protein/inhibitor / all-alpha helical antidepressant complex / membrane protein-tranport protein complex (生体膜) / transport protein-inhibitor complex / tranport protein/inhibitor / tranport protein-inhibitor complex / membrane protein (膜タンパク質) / protein transport / all alpha-helical integral membrane protein / protein transport/inhibitor / neurotransmitter transporter (神経伝達物質輸送体) / protein transport-inhibitor complex

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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