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タイトルEnergy barriers and driving forces in tRNA translocation through the ribosome.
ジャーナル・号・ページNat Struct Mol Biol, Vol. 20, Issue 12, Page 1390-1396, Year 2013
掲載日2013年11月3日
著者Lars V Bock / Christian Blau / Gunnar F Schröder / Iakov I Davydov / Niels Fischer / Holger Stark / Marina V Rodnina / Andrea C Vaiana / Helmut Grubmüller /
PubMed 要旨During protein synthesis, tRNAs move from the ribosome's aminoacyl to peptidyl to exit sites. Here we investigate conformational motions during spontaneous translocation, using molecular dynamics ...During protein synthesis, tRNAs move from the ribosome's aminoacyl to peptidyl to exit sites. Here we investigate conformational motions during spontaneous translocation, using molecular dynamics simulations of 13 intermediate-translocation-state models obtained by combining Escherichia coli ribosome crystal structures with cryo-EM data. Resolving fast transitions between states, we find that tRNA motions govern the transition rates within the pre- and post-translocation states. Intersubunit rotations and L1-stalk motion exhibit fast intrinsic submicrosecond dynamics. The L1 stalk drives the tRNA from the peptidyl site and links intersubunit rotation to translocation. Displacement of tRNAs is controlled by 'sliding' and 'stepping' mechanisms involving conserved L16, L5 and L1 residues, thus ensuring binding to the ribosome despite large-scale tRNA movement. Our results complement structural data with a time axis, intrinsic transition rates and molecular forces, revealing correlated functional motions inaccessible by other means.
リンクNat Struct Mol Biol / PubMed:24186064
手法EM (単粒子)
解像度9 - 20.0 Å
構造データ

2472

4v6z

EMDB-2472: Energy barriers and driving forces of tRNA translocation through the ribosome
PDB-4v6z: E. coli 70S-fMetVal-tRNAVal-tRNAfMet complex in classic pre-translocation state (pre1b)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 12.0 Å

2473

4v73

EMDB-2473: Energy barriers and driving forces of tRNA translocation through the ribosome
PDB-4v73: E. coli 70S-fMetVal-tRNAVal-tRNAfMet complex in hybrid pre-translocation state (pre5a)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 15.0 Å

2474

4v77

EMDB-2474: Energy barriers and driving forces of tRNA translocation through the ribosome
PDB-4v77: E. coli 70S-fMetVal-tRNAVal-tRNAfMet complex in intermediate post-translocation state (post2b)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 17.0 Å

2475

4v78

EMDB-2475: Energy barriers and driving forces of tRNA translocation through the ribosome
PDB-4v78: E. coli 70S-fMetVal-tRNAVal-tRNAfMet complex in intermediate post-translocation state (post3a)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 20.0 Å

PDB-4v6y:
E. coli 70S-fMetVal-tRNAVal-tRNAfMet complex in classic pre-translocation state (pre1a)
手法: ELECTRON MICROSCOPY / 解像度: 12.0 Å

PDB-4v70:
E. coli 70S-fMetVal-tRNAVal-tRNAfMet complex in intermediate pre-translocation state (pre3)
手法: ELECTRON MICROSCOPY / 解像度: 17.0 Å

PDB-4v71:
E. coli 70S-fMetVal-tRNAVal-tRNAfMet complex in intermediate pre-translocation state (pre2)
手法: ELECTRON MICROSCOPY / 解像度: 20.0 Å

PDB-4v72:
E. coli 70S-fMetVal-tRNAVal-tRNAfMet complex in hybrid pre-translocation state (pre4)
手法: ELECTRON MICROSCOPY / 解像度: 13.0 Å

PDB-4v74:
70S-fMetVal-tRNAVal-tRNAfMet complex in hybrid pre-translocation state (pre5b)
手法: ELECTRON MICROSCOPY / 解像度: 17.0 Å

PDB-4v75:
E. coli 70S-fMetVal-tRNAVal-tRNAfMet complex in classic post-translocation state (post1)
手法: ELECTRON MICROSCOPY / 解像度: 12.0 Å

PDB-4v76:
E. coli 70S-fMetVal-tRNAVal-tRNAfMet complex in intermediate post-translocation state (post2a)
手法: ELECTRON MICROSCOPY / 解像度: 17.0 Å

PDB-4v79:
E. coli 70S-fMetVal-tRNAVal-tRNAfMet complex in intermediate post-translocation state (post3b)
手法: ELECTRON MICROSCOPY / 解像度: 15.0 Å

PDB-4v7a:
E. coli 70S-fMetVal-tRNAVal post-translocation complex (post4)
手法: ELECTRON MICROSCOPY / 解像度: 9.0 Å

化合物

ChemComp-VAL:
VALINE / バリン / バリン

ChemComp-FME:
N-FORMYLMETHIONINE / N-ホルミルメチオニン / N-ホルミルメチオニン

由来
  • escherichia coli (大腸菌)
  • synthetic construct (人工物)
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / cryo-EM refinement / tRNA (転移RNA) / translocation intermediate

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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