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Structure paper

タイトルStructure and superorganization of acetylcholine receptor-rapsyn complexes.
ジャーナル・号・ページProc Natl Acad Sci U S A, Vol. 110, Issue 26, Page 10622-10627, Year 2013
掲載日2013年6月25日
著者Benoît Zuber / Nigel Unwin /
PubMed 要旨The scaffolding protein at the neuromuscular junction, rapsyn, enables clustering of nicotinic acetylcholine receptors in high concentration and is critical for muscle function. Patients with ...The scaffolding protein at the neuromuscular junction, rapsyn, enables clustering of nicotinic acetylcholine receptors in high concentration and is critical for muscle function. Patients with insufficient receptor clustering suffer from muscle weakness. However, the detailed organization of the receptor-rapsyn network is poorly understood: it is unclear whether rapsyn first forms a wide meshwork to which receptors can subsequently dock or whether it only forms short bridges linking receptors together to make a large cluster. Furthermore, the number of rapsyn-binding sites per receptor (a heteropentamer) has been controversial. Here, we show by cryoelectron tomography and subtomogram averaging of Torpedo postsynaptic membrane that receptors are connected by up to three rapsyn bridges, the minimum number required to form a 2D network. Half of the receptors belong to rapsyn-connected groups comprising between two and fourteen receptors. Our results provide a structural basis for explaining the stability and low diffusion of receptors within clusters.
リンクProc Natl Acad Sci U S A / PubMed:23754381 / PubMed Central
手法EM (サブトモグラム平均) / EM (トモグラフィー)
解像度40 - 50 Å
構造データ

EMDB-2376, PDB-4bog:
The structure and super-organization of acetylcholine receptor-rapsyn complexes
手法: EM (サブトモグラム平均)

EMDB-2377: The structure and super-organization of acetylcholine receptor-rapsyn complexes; class A
PDB-4boi: The structure and super-organization of acetylcholine receptor-rapsyn complexes class A
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 41.0 Å

EMDB-2378: The structure and super-organization of acetylcholine receptor-rapsyn complexes; class B
PDB-4bon: The structure and super-organization of acetylcholine receptor-rapsyn complexes class B
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 41.0 Å

EMDB-2381: The structure and super-organization of acetylcholine receptor-rapsyn complexes; class C
PDB-4boo: The structure and super-organization of acetylcholine receptor-rapsyn complexes class C
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 42.0 Å

EMDB-2382: The structure and super-organization of acetylcholine receptor-rapsyn complexes; class D
PDB-4bor: The structure and super-organization of acetylcholine receptor-rapsyn complexes class D
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 42.0 Å

EMDB-2383: The structure and super-organization of acetylcholine receptor-rapsyn complexes; class E
PDB-4bot: The structure and super-organization of acetylcholine receptor- rapsyn complexes class E
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 42.0 Å

由来
  • torpedo marmorata (エイ)
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / CLUSTERING / SYNAPSE (シナプス) / NEUROMUSCULAR JUNCTION / NICOTINIC / RAPSYN / 43K / ELECTRIC ORGAN / NEUROTRANSMITTER RECEPTOR (神経伝達物質受容体) / RECEPTOR (受容体)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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