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タイトルMolecular architecture of the 40S⋅eIF1⋅eIF3 translation initiation complex.
ジャーナル・号・ページCell, Vol. 158, Issue 5, Page 1123-1135, Year 2014
掲載日2014年8月28日
著者Jan P Erzberger / Florian Stengel / Riccardo Pellarin / Suyang Zhang / Tanja Schaefer / Christopher H S Aylett / Peter Cimermančič / Daniel Boehringer / Andrej Sali / Ruedi Aebersold / Nenad Ban /
PubMed 要旨Eukaryotic translation initiation requires the recruitment of the large, multiprotein eIF3 complex to the 40S ribosomal subunit. We present X-ray structures of all major components of the minimal, ...Eukaryotic translation initiation requires the recruitment of the large, multiprotein eIF3 complex to the 40S ribosomal subunit. We present X-ray structures of all major components of the minimal, six-subunit Saccharomyces cerevisiae eIF3 core. These structures, together with electron microscopy reconstructions, cross-linking coupled to mass spectrometry, and integrative structure modeling, allowed us to position and orient all eIF3 components on the 40S⋅eIF1 complex, revealing an extended, modular arrangement of eIF3 subunits. Yeast eIF3 engages 40S in a clamp-like manner, fully encircling 40S to position key initiation factors on opposite ends of the mRNA channel, providing a platform for the recruitment, assembly, and regulation of the translation initiation machinery. The structures of eIF3 components reported here also have implications for understanding the architecture of the mammalian 43S preinitiation complex and the complex of eIF3, 40S, and the hepatitis C internal ribosomal entry site RNA.
リンクCell / PubMed:25171412 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度2 - 28.1 Å
構造データ

EMDB-2670:
Occupied class from the supervised classification of a negatively stained Lachancea kluyveri 40S-eIF1-eIF3 complex.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 28.1 Å

EMDB-2671:
Unoccupied class from the supervised classification of a negatively stained Lachancea kluyveri 40S-eIF1-eIF3 complex.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 24.6 Å

PDB-3j8b:
Model of the human eIF3 PCI-MPN octamer docked into the 43S-HCV IRES EM map
手法: ELECTRON MICROSCOPY / 解像度: 9.3 Å

PDB-3j8c:
Model of the human eIF3 PCI-MPN octamer docked into the 43S EM map
手法: ELECTRON MICROSCOPY / 解像度: 11.6 Å

PDB-4u1c:
Crystal structure of the eIF3a/eIF3c PCI-domain heterodimer
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.5 Å

PDB-4u1d:
Structure of the PCI domain of translation initiation factor eIF3a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.3 Å

PDB-4u1e:
Crystal structure of the eIF3b-CTD/eIF3i/eIF3g-NTD translation initiation complex
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.0 Å

PDB-4u1f:
Crystal structure of middle domain of eukaryotic translation initiation factor eIF3b
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.2 Å

化合物

ChemComp-HOH:
WATER /

由来
  • Lachancea kluyveri (菌類)
  • homo sapiens (ヒト)
  • saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
キーワードTRANSLATION (翻訳 (生物学)) / translation initiation / eIF3 complex (EIF3) / PCI-domains / PCI domain / beta-propeller (Βプロペラドメイン)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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