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タイトルRecognition of aminoacyl-tRNA: a common molecular mechanism revealed by cryo-EM.
ジャーナル・号・ページEMBO J, Vol. 27, Issue 24, Page 3322-3331, Year 2008
掲載日2008年12月17日
著者Wen Li / Xabier Agirrezabala / Jianlin Lei / Lamine Bouakaz / Julie L Brunelle / Rodrigo F Ortiz-Meoz / Rachel Green / Suparna Sanyal / Måns Ehrenberg / Joachim Frank /
PubMed 要旨The accuracy of ribosomal translation is achieved by an initial selection and a proofreading step, mediated by EF-Tu, which forms a ternary complex with aminoacyl(aa)-tRNA. To study the binding modes ...The accuracy of ribosomal translation is achieved by an initial selection and a proofreading step, mediated by EF-Tu, which forms a ternary complex with aminoacyl(aa)-tRNA. To study the binding modes of different aa-tRNAs, we compared cryo-EM maps of the kirromycin-stalled ribosome bound with ternary complexes containing Phe-tRNA(Phe), Trp-tRNA(Trp), or Leu-tRNA(LeuI). The three maps suggest a common binding manner of cognate aa-tRNAs in their specific binding with both the ribosome and EF-Tu. All three aa-tRNAs have the same 'loaded spring' conformation with a kink and twist between the D-stem and anticodon stem. The three complexes are similarly integrated in an interaction network, extending from the anticodon loop through h44 and protein S12 to the EF-Tu-binding CCA end of aa-tRNA, proposed to signal cognate codon-anticodon interaction to the GTPase centre and tune the accuracy of aa-tRNA selection.
リンクEMBO J / PubMed:19020518 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度9.0 - 12.0 Å
構造データ

1564

3eq4

EMDB-1564: Recognition of Phe-tRNAPhe, Trp-tRNATrp and : a common molecular mechanism for aminoacyl-tRNA selection revealed by cryo-EM
PDB-3eq4: Model of tRNA(Leu)-EF-Tu in the ribosomal pre-accommodated state revealed by cryo-EM
手法: EM (単粒子) / 解像度: 12.0 Å

1565

3eq3

EMDB-1565: Recognition of Phe-tRNAPhe, Trp-tRNATrp and : a common molecular mechanism for aminoacyl-tRNA selection revealed by cryo-EM
PDB-3eq3: Model of tRNA(Trp)-EF-Tu in the ribosomal pre-accommodated state revealed by cryo-EM
手法: EM (単粒子) / 解像度: 9.0 Å

PDB-3ep2:
Model of Phe-tRNA(Phe) in the ribosomal pre-accommodated state revealed by cryo-EM
手法: ELECTRON MICROSCOPY / 解像度: 9.0 Å

由来
  • Escherichia coli (大腸菌)
  • escherichia coli k12 (大腸菌)
キーワードRIBOSOMAL PROTEIN/RNA (リボソーム) / protein translation (翻訳 (生物学)) / ternary complex / A/T-tRNA / automated data collection / Antibiotic resistance (抗微生物薬耐性) / Elongation factor / GTP-binding / Membrane (生体膜) / Methylation (メチル化) / Nucleotide-binding / Phosphoprotein / Protein biosynthesis (タンパク質生合成) / Ribonucleoprotein (核タンパク質) / Ribosomal protein / RNA-binding / rRNA-binding / tRNA-binding / RIBOSOMAL PROTEIN-RNA COMPLEX (リボソーム)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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