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Structure paper

タイトルStructural analysis of the Saf pilus by electron microscopy and image processing.
ジャーナル・号・ページJ Mol Biol, Vol. 379, Issue 1, Page 174-187, Year 2008
掲載日2008年5月23日
著者Osman Salih / Han Remaut / Gabriel Waksman / Elena V Orlova /
PubMed 要旨Bacterial pili are important virulence factors involved in host cell attachment and/or biofilm formation, key steps in establishing and maintaining successful infection. Here we studied Salmonella ...Bacterial pili are important virulence factors involved in host cell attachment and/or biofilm formation, key steps in establishing and maintaining successful infection. Here we studied Salmonella atypical fimbriae (or Saf pili), formed by the conserved chaperone/usher pathway. In contrast to the well-established quaternary structure of typical/FGS-chaperone assembled, rod-shaped, chaperone/usher pili, little is known about the supramolecular organisation in atypical/FGL-chaperone assembled fimbriae. In our study, we have used negative stain electron microscopy and single-particle image analysis to determine the three-dimensional structure of the Salmonella typhimurium Saf pilus. Our results show atypical/FGL-chaperone assembled fimbriae are composed of highly flexible linear multi-subunit fibres that are formed by globular subunits connected to each other by short links giving a "beads on a string"-like appearance. Quantitative fitting of the atomic structure of the SafA pilus subunit into the electron density maps, in combination with linker modelling and energy minimisation, has enabled analysis of subunit arrangement and intersubunit interactions in the Saf pilus. Short intersubunit linker regions provide the molecular basis for flexibility of the Saf pilus by acting as molecular hinges allowing a large range of movement between consecutive subunits in the fibre.
リンクJ Mol Biol / PubMed:18448124
手法EM (単粒子) / EM (らせん対称)
解像度17.0 Å
構造データ

1494

3cre

EMDB-1494: Structural Analysis of the Saf Pilus by Electron Microscopy and Image Processing. 3D reconstruction of the Type A Saf pilus, one of two conformations of the pilus refined.
PDB-3cre: Electron Microscopy model of the Saf Pilus- Type A
手法: EM (単粒子) / 解像度: 17.0 Å

1495

3crf

EMDB-1495: Structural Analysis of the Saf Pilus by Electron Microscopy and Image Processing. 3D reconstruction of the Type B Saf pilus, one of two conformations of the pilus refined.
PDB-3crf: Electron Microscopy model of the Saf Pilus- Type B
手法: EM (単粒子) / 解像度: 17.0 Å

由来
  • Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2 (サルモネラ菌)
  • salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / SafA protein polymer / Type A Saf Pilus / Fibril Protein (フィブリル) / Type B Saf Pilus

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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