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Structure paper

タイトルThe flavivirus precursor membrane-envelope protein complex: structure and maturation.
ジャーナル・号・ページScience, Vol. 319, Issue 5871, Page 1830-1834, Year 2008
掲載日2008年3月28日
著者Long Li / Shee-Mei Lok / I-Mei Yu / Ying Zhang / Richard J Kuhn / Jue Chen / Michael G Rossmann /
PubMed 要旨Many viruses go through a maturation step in the final stages of assembly before being transmitted to another host. The maturation process of flaviviruses is directed by the proteolytic cleavage of ...Many viruses go through a maturation step in the final stages of assembly before being transmitted to another host. The maturation process of flaviviruses is directed by the proteolytic cleavage of the precursor membrane protein (prM), turning inert virus into infectious particles. We have determined the 2.2 angstrom resolution crystal structure of a recombinant protein in which the dengue virus prM is linked to the envelope glycoprotein E. The structure represents the prM-E heterodimer and fits well into the cryo-electron microscopy density of immature virus at neutral pH. The pr peptide beta-barrel structure covers the fusion loop in E, preventing fusion with host cell membranes. The structure provides a basis for identifying the stages of its pH-directed conformational metamorphosis during maturation, ending with release of pr when budding from the host.
リンクScience / PubMed:18369147
手法X線回折 / EM (単粒子)
解像度2.2 - 12.5 Å
構造データ

PDB-3c5x:
Crystal structure of the precursor membrane protein- envelope protein heterodimer from the dengue 2 virus at low pH
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.2 Å

PDB-3c6d:
The pseudo-atomic structure of dengue immature virus
手法: ELECTRON MICROSCOPY / 解像度: 12.5 Å

PDB-3c6e:
Crystal structure of the precursor membrane protein- envelope protein heterodimer from the dengue 2 virus at neutral pH
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.6 Å

化合物

ChemComp-HOH:
WATER / 水

ChemComp-NDG:
2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose / N-アセチル-α-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

由来
  • dengue virus 2 thailand/16681/84 (デング熱ウイルス)
  • dengue virus 2 (デング熱ウイルス)
  • dengue virus (デング熱ウイルス)
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / BETA BARREL (Βバレル) / prM-E protein complex / Helicase (ヘリカーゼ) / Hydrolase (加水分解酵素) / Nucleotide-binding / RNA replication (RNA依存性RNAポリメラーゼ) / Transmembrane (膜貫通型タンパク質) / VIRUS (ウイルス) / icosahedral virion / ATP-binding / Capsid protein (カプシド) / Cleavage on pair of basic residues / Endoplasmic reticulum (小胞体) / Envelope protein (エンベロープ (ウイルス)) / Glycoprotein (糖タンパク質) / Metal-binding / Multifunctional enzyme / Nucleotidyltransferase / Nucleus (Nucleus) / Phosphoprotein / Protease (プロテアーゼ) / Ribonucleoprotein (核タンパク質) / RNA-binding / RNA-directed RNA polymerase (RNA依存性RNAポリメラーゼ) / Secreted (分泌) / Serine protease (セリンプロテアーゼ) / Transcription (転写 (生物学)) / Transcription regulation / Transferase (転移酵素) / Viral nucleoprotein / icosahedral virus / prM-E protein complex structure

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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