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タイトルLipid-protein interactions in double-layered two-dimensional AQP0 crystals.
ジャーナル・号・ページNature, Vol. 438, Issue 7068, Page 633-638, Year 2005
掲載日2005年12月1日
著者Tamir Gonen / Yifan Cheng / Piotr Sliz / Yoko Hiroaki / Yoshinori Fujiyoshi / Stephen C Harrison / Thomas Walz /
PubMed 要旨Lens-specific aquaporin-0 (AQP0) functions as a specific water pore and forms the thin junctions between fibre cells. Here we describe a 1.9 A resolution structure of junctional AQP0, determined by ...Lens-specific aquaporin-0 (AQP0) functions as a specific water pore and forms the thin junctions between fibre cells. Here we describe a 1.9 A resolution structure of junctional AQP0, determined by electron crystallography of double-layered two-dimensional crystals. Comparison of junctional and non-junctional AQP0 structures shows that junction formation depends on a conformational switch in an extracellular loop, which may result from cleavage of the cytoplasmic amino and carboxy termini. In the centre of the water pathway, the closed pore in junctional AQP0 retains only three water molecules, which are too widely spaced to form hydrogen bonds with each other. Packing interactions between AQP0 tetramers in the crystalline array are mediated by lipid molecules, which assume preferred conformations. We were therefore able to build an atomic model for the lipid bilayer surrounding the AQP0 tetramers, and we describe lipid-protein interactions.
リンクNature / PubMed:16319884 / PubMed Central
手法EM (電子線結晶学) / X線回折
解像度1.9 - 2.4 Å
構造データ

EMDB-2973:
electron crystallographic structure of lens Aquaporin-0 (AQP0) (lens MIP) at 1.9A resolution, in a closed pore state
手法: EM (電子線結晶学) / 解像度: 1.9 Å

PDB-2b6o:
Electron crystallographic structure of lens Aquaporin-0 (AQP0) (lens MIP) at 1.9A resolution, in a closed pore state
手法: ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY / 解像度: 1.9 Å

PDB-2b6p:
X-ray structure of lens Aquaporin-0 (AQP0) (lens MIP) in an open pore state
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.4 Å

化合物

ChemComp-MC3:
1,2-DIMYRISTOYL-RAC-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / リン脂質*YM

ChemComp-HOH:
WATER / 水

由来
  • ovis aries (ヒツジ)
  • bos taurus (ウシ)
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / aquaporin-0 junctions / AQP0 / lens MIP / lipid-protein interactions / membrane (生体膜) / lipid bilayer (脂質二重層) / closed water pore / aquaporin-0; AQP0; lens MIP; open water pore; aquaporin; membrane protein; (アクアポリン)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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