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Structure paper

タイトルStructural studies of bacteriophage alpha3 assembly.
ジャーナル・号・ページJ Mol Biol, Vol. 325, Issue 1, Page 11-24, Year 2003
掲載日2003年1月3日
著者Ricardo A Bernal / Susan Hafenstein / Norman H Olson / Valorie D Bowman / Paul R Chipman / Timothy S Baker / Bentley A Fane / Michael G Rossmann /
PubMed 要旨Bacteriophage alpha3 is a member of the Microviridae, a family of small, single-stranded, icosahedral phages that include phiX174. These viruses have an ssDNA genome associated with approximately 12 ...Bacteriophage alpha3 is a member of the Microviridae, a family of small, single-stranded, icosahedral phages that include phiX174. These viruses have an ssDNA genome associated with approximately 12 copies of an H pilot protein and 60 copies of a small J DNA-binding protein. The surrounding capsid consists of 60 F coat proteins decorated with 12 pentameric spikes of G protein. Assembly proceeds via a 108S empty procapsid that requires the external D and internal B scaffolding proteins for its formation. The alpha3 "open" procapsid structural intermediate was determined to 15A resolution by cryo-electron microscopy (cryo-EM). Unlike the phiX174 "closed" procapsid and the infectious virion, the alpha3 open procapsid has 30A wide pores at the 3-fold vertices and 20A wide gaps between F pentamers as a result of the disordering of two helices in the F capsid protein. The large pores are probably used for DNA entry and internal scaffolding protein exit during DNA packaging. Portions of the B scaffolding protein are located at the 5-fold axes under the spike and in the hydrophobic pocket on the inner surface of the capsid. Protein B appears to have autoproteolytic activity that cleaves at an Arg-Phe motif and probably facilitates the removal of the protein through the 30A wide pores. The structure of the alpha3 mature virion was solved to 3.5A resolution by X-ray crystallography and was used to interpret the open procapsid cryo-EM structure. The main differences between the alpha3 and phiX174 virion structures are in the spike and the DNA-binding proteins. The alpha3 pentameric spikes have a rotation of 3.5 degrees compared to those of phiX174. The alpha3 DNA-binding protein, which is shorter by 13 amino acid residues at its amino end when compared to the phiX174 J protein, retains its carboxy-terminal-binding site on the internal surface of the capsid protein. The icosahedrally ordered structural component of the ssDNA appears to be substantially increased in alpha3 compared to phiX174, allowing the building of about 10% of the ribose-phosphate backbone.
リンクJ Mol Biol / PubMed:12473449 / PubMed Central
手法X線回折 / EM (単粒子)
解像度3.5 - 16 Å
構造データ

PDB-1m06:
Structural Studies of Bacteriophage alpha3 Assembly, X-Ray Crystallography
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.5 Å

PDB-1m0f:
Structural Studies of Bacteriophage alpha3 Assembly, Cryo-electron microscopy
手法: ELECTRON MICROSCOPY / 解像度: 16.0 Å

由来
  • enterobacteria phage alpha3 (ファージ)
キーワードVirus/DNA / Bacteriophage (ファージ) / three-dimensional structure / virion (ウイルス) / morphogenesis (形態形成) / phiX174 / assembly / microviridae / Icosahedral virus / Virus-DNA COMPLEX / VIRUS (ウイルス) / Cryo Electron Microscopy / Procapsid (カプシド)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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